Struktur Muhammadiyah Secara garis besar terdiri dari dua jenis yaitu struktur vertikal dan horisontal . Struktur vertikal adalah jaringan kelembagaan Muhammadiyah dari tingkat pusat ( nasional ) hingga tingkat jamaah ( anggota ). Struktur horisontal Muhammadiyah adalah jaringan kelembagaan Muhammadiyah dalam satu tingkat kepemimpinan yang terdiri dari pimpinan , majelis , lembaga / badan dan organisasi otonom ( ortom ).
Lebih jelasnya adalah contoh dalam tingkat pro v insi terdapat Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM) yang terdiri dari jajaran pimpinan , majelis , lembaga / badan dan ortom tingkat pro v insi . Demikian pula di tingkat daerah (PDM) ada majelis dan lembaga yang membantu kerja para pimpinan , ditambah keberadaan ortom-ortom . Demikian pulan tingkat cabang (PCM) dan ranting (PRM) tentu dengan kelengkapan majelis dan lembaga serta ortom yang berbeda-beda .
Ada majelis dan lembaga yang mana keduanya mempunyai fungsi dan tugas masing-masing . Majelis adalah unsur pembantu pimpinan yang menjalankan sebagian tugas pokok Muhammadiyah sedangkan lembaga adalah unsur pembantu pimpinan yang menjalankan tugas pendukung yang tidak operasional atau tidak berhubungan dengan pencapaian tujuan Muhamadiyah . Susunan majelis dan lembaga dapat berubah dari masa ke masa menyesuaikan kebutuhan organisasi dan semua diputuskan dalam rapat pimpinan pusat yang terpilih dalam muktamar Muhammadiyah
Untuk pimpinan setingkat PWM dan PDM keberadaan majelis serta lembaga biasanya masih tidak banyak perbedaan karena kebutuhannya yang hampir merata sama . Sementara di tingkat PCM, bisa jadi terdapat banyak perbedaan struktur majelis dan lembaga antara satu PCM dengan PCM lainnya mengingat kondisi masing-masing cabang berbeda . Apalagi di tingkat ranting, biasanya mengacu pada kebutuhan riil dan minimal yang ada di sana .
Jaringan Kelembagaan Muhammadiyah : Pimpinan Pusat Pimpinaan Wilayah Pimpinaan Daerah Pimpinan Cabang Pimpinan Ranting Jama'ah Muhammadiyah
Majelis Majelis Tarjih dan Tajdid Majelis Tabligh Majelis Penelitian, Pembangunan dan Pendidikan Tinggi (Hanya ada di Pimpinan Pusat) Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Majelis Pendidikan Kader Majelis Pelayanan Sosial
Majelis Ekonomi dan Kewirausahaan Majelis Pemberdayaan Masyarakat Majelis Pembina Kesehatan Umum Majelis Pustaka dan Informasi Majelis Lingkungan Hidup Majelis Hukum Dan Hak Asasi Manusia Majelis Wakaf dan Kehartabendaan
Lembaga Lembaga Pengembangan Cabang dan Ranting Lembaga Pembina dan Pengawasan Keuangan Le mbaga Penanganan Bencana atau mdmc (Muhammadiyah Disaster Managemen Centre) Lembaga Zakat Infaq dan Shodaqqoh Muhammadiyah (LazisMu) Lembaga Hikmah dan Kebijakan Publik Lembaga Seni Budaya dan Olahraga Lembaga Hubungan dan Kerjasama International (Hanya ada di Pimpinan Pusat )