Arquivos FASTQ

Arquivos FASTQ

1. Arquivos FASTQ Marcos Castro

2. Arquivos FASTQ Existem vários formatos de arquivos em Bioinformática. São nesses arquivos que as sequências são armazenadas. Dois formatos são muito comuns em Bioinformática: FASTA e FASTQ. Exemplo de arquivo FASTA:

3. Arquivos FASTQ Arquivos no formato FASTQ também são muito populares. As máquina sequenciadores fornecem os arquivos no formato FASTQ. Exemplo de máquina sequenciadora: Illumina . O FASTQ é parecido com o FASTA, mas contém informações adicionais em relação à qualidade do sequenciamento.

4. Arquivos FASTQ Exemplo de arquivo FASTQ:

5. Arquivos FASTQ Scores de qualidade são importantes para análises de variações e mutações.

6. Arquivos FASTQ A primeira linha começa com o “@” que é seguido por um identificador da sequência e uma descrição opcional.

7. Arquivos FASTQ A linha 2 é a sequência propriamente dita.

8. Arquivos FASTQ Na linha 3 temos o caractere “+”, é opcionalmente seguido pelo mesmo identificador da sequência novamente.

9. Arquivos FASTQ A linha 4 contém os valores de qualidade da sequência da linha 2. A quarta linha representa os valores de qualidade. A qualidade tem o mesmo tamanho da sequência. No FASTQ, a linha da sequência é uma só.

10. Arquivos FASTQ Que tal converter FASTQ para FASTA? A lib Biopython te ajuda  Curso de Bioinformática: https://www.udemy.com/curso-de-bioinformatica-com-biopython/

11. Dúvidas? [email protected] http://bioinformatica.blog.br/