Virus Taxonomy mata kuliah virologi.pptx

virologi

1. TATA NAMA VIRUS (TUMBUHAN)

2. Nomenclature & Classification of Plant Viruses (Sharma,?)

3. Classification & Nomenclature of Viruses (Sharma, ?)

4. Classification & Nomenclature of Viruses (Sharma, ?)

5. What is the Purpose Virus Classification (Sharma,?)

6. Key Elements of the ICTV (Mayo, 2002)

7. Taxonomic Decision-Making Structure for Plant Viruses (Mayo, 2002)

8. The new rule 3.40 of the International Code of Virus Classification and Nomenclature is as follows: Species names are printed in italics and you have the first letter of the first word capitalized. Other words are not capitalized unless they are proper nouns, or parts of proper nouns. (Mayo and Horzinek, 1998: 1654) How to Write the Names of Virus Species (Van Regenmortel, 2002)

9. The rule applies when the species name is used to refer to a taxonomic entity, i.e., an abstraction corresponding to a taxon in the virus classification. Examples of correct spelling and typographical style for the corresponding taxonomic entities are Tobacco mosaic virus, Poliovirus, and Murray River encephalitis virus (in this case, river is a proper noun). How to Write the Names of Virus Species (Van Regenmortel, 2002)

10. VIRUS TAXONOMY (Classification and Nomenclature) Tata nama dalam kearifan lokal Tugas T a xonomy Cara penamaan virus Dasar Klasifikasi Virus Virus Diagrams Selintas tentang ICTV

11. “ Wat is in een naam , Een roos zou even zoet geuren onder ieder andere naam ” ( “ Apakah arti nama , Bunga mawar akan tetap sama harumnya dengan nama apapun djua ”) ( disitasi dari Tjitrosoepomo , 1969)

12. Mengapa perlu nama yang benar? Mempermudah komunikasi Mempermudah pengelolaan Penunjang perundang undangan dan peraturan

13. Tata nama dalam kearifan lokal AMONG TANI, AMONG TANI CAHEH ENO WOHING DAMI, PIRO KEHE LAN JENENGE, SUN ARSO MIYARSAKAKE { Pertanyaan Antogupa – Petani Widorokandang yang mendapat kepercayaan untuk mengasuh putra-putri Raja Basudewa dari Madura ( Kakrasana , Narayana dan Sumbadra ): Dalam Gending Lebdosari }

14. Tata nama dalam kearifan lokal PARI SOKANANDI, TAMBAK MENUR LAN CENDANI, TAPAS AREN, MENTIK WANGI, JOKO BOLOT, PENDOK WESI, DUDA NGASAG, NDULU RANDA MENTER MENTER (M.N. IV: Serat Sekar-sekaran . Disitasi dari Tjitrosupomo , 1969)

15. Review Beberapa Istilah Systematics : the science of organizing the history of the evolutionary relationships of organisms ( Viruses ) Classification : determining the evolutionary relationships between organisms ( Viruses ) Identification : recoqnizing the place of an organisms in an existing classification scheme, often using dichotomous keys to identify the organism ( Virus ) . Taxonomy (nomenclature ): assigning scientific names ( of the viruses ) according to agreed international scientific rules

16. Tugas Sistematik (dalam Virologi): Untuk mengenal (mengadakan identifikasi), memberi nama beserta karakterisasi pada semua virus (Picornaviridae: pico = small; rna = ribonucleic acid) ‏ . Menyusun dalam suatu sistem yang sesuai dengan kemajuan ilmu pengetahuan, artinya menggolong-golongkan menurut sejarah perkembangan phylogenetik, sehingga tercermin jauh dekatnya hubungan kekeluargaan antara virus satu dengan yang lain sekaligus diperoleh suatu gambaran “sisilah” virus.

17. The Official Taxonomic Groups Kingdom (e.g. Animals, plants, bacteria: does not apply to viruses) Phylum (e.g. Vertebrates; does not apply to viruses) Class (group of related orders; does not apply to viruses) Order (group of related families) Family (group of related genera) Genus (group of related species) Species, the smallest taxonomic group

18. BBRP Persoalan dalam Taksonomi agens subsellular Terlalu kecil untuk dilihat tanpa M.E. Perubahan kecil dalam struktur molekular dapat menunjukkan sifat yang sangat berbeda Selama ini banyak digunakan taksonomi berdasarkan gejala Makin pentingnya sifat molekular sebagai dasar nomenklatur.

19. Kendala dalam klasifikasi virus Belum cukup informasi tentang sifat-sifat virus (virus lebih banyak dikenal mengenai penyakit yang disebabkannya). Kebanyakan usaha klasifikasi virus dilaksanakan oleh kelompok kecil tanpa input dari pakar virologi secara luas

20. Beberapa cara penamaan virus Berdasarkan gejala yang dikenal pada tanaman inangnya (contoh: Tobacco mozaic virus). Berdasarkan nama genus dari inang diikuti dengan nomor yang menunjukkan urutan virus diisolasi (contoh: Nicotiana virus 1). Sistem sigla (acronim), yaitu nama yang dibentuk dari beberapa huruf yang biasanya merupakan huruf awal kata yang dideskripsi (contoh: REOVIDAE = R: respiratory; E: enteric; O: orphan virus. PAPOVAVIRUS = PA: papilloma; PO: Polyma; VA: vacuolating agent. PICORNAVIRUS = PICO: kecil; RNA: ribonucleic acid ) ‏ Berdasarkan tempat ditemukan (contoh: Bunyaviruses = Bunyamwera, tempat di Afrika. Nairovirus = ditemukan di Nairobi, penyakit pada domba) ‏

21. Penamaan Virus Berdasarkan Strukur dari Partikel Virus Baculovirus (The baculo portion of the name refers to the rod-shaped capsid the virus particles) Geminivirus (Virion are germinate (abaut 18 X 30 nm) with a total of 22 pentameric capsomers: the name of Gemini cames from the twins of Greek mythology, Castor and Pollux)

22. Castor and Pollux

23. Beberapa Kata yang Punya Arti Khusus dalam Taksonomi ADENO = gland HERPES = creeping TOGA = cloat FLAVI = yellow TORO (Torus = obyek, seperti donat)‏ RHABDO (dari kata RHABDOS = ROD)‏ BUNYAVIRUS (Bunya = nama tempat di Afrika)‏ NAIROVIRUS = virus yang ditemukan di Nairobi Hepatos (liver)

24. Criteria Used for Classifying Plant Viruses (Sharma, ?)

25. Beberapa sifat virus yang dapat dikembangkan untuk mengkonstruksi taksonomi A. Sifat Virion 1. Ukuran 2. Bentuk 3. Ada tidaknya envelope 4. Simetri dan struktur B. Sifat Genom 1. Tipe asam nukleat 2. Strandedness 3. Linear atau circular 4. Sense 5. Jumlah segmen 6. Ukuran genom 7. Urutan basa N C. Sifat Protein 1. Jumlah protein 2. Ukuran protein 3. Fungsi protein 4. Urutan asam amino

26. Beberapa sifat virus yang dapat dikembangkan untuk mengkonstruksi taksonomi D. Strategi Replikasi E. Sifat Fisik 1. Ketahanan terhadap ph 2. Ketahanan terhadap panas 3. Ketahanan terhadap kation 4. Ketahanan terhadap solven 5. Ketahanan terhadap deterjen 6. Ketahanan terhadap radiasi C. Sifat Biologi 1. Serologi 2. Inang 3. Patogenisitas 4. Transmisi 5. Hubungan dengan vektor dan distribusi geografis

27. Beberapa Kata yang Punya Arti Khusus dalam Taksonomi ADENO = gland HERPES = creeping TOGA = cloat FLAVI = yellow TORO (Torus = obyek, seperti donat)‏ RHABDO (dari kata RHABDOS = ROD)‏ BUNYAVIRUS (Bunya = nama tempat di Afrika)‏ NAIROVIRUS = virus yang ditemukan di Nairobi Hepatos (liver)

28. Cryptogram GIBBS (1) ‏ Each cryptogram consists of four pairs of symbols (for example, tobacco mosaic virus, R/1: 2/5: E/E: S/O) ‏ With the following meanings: 1 st Pair Type of nucleic acid/Strandedness of nucleic acid Symbols for type of nucleic acid R = RNA: D = DNA Symbol for Strandedness 1 = single stranded: 2 = double-stranded

29. Cryptogram GIBBS (2) 2 nd Pair (Molecular weight of nucleic acid (in millions)/Percentage of nucleic acid in infective particles. This term gives the composition of infective particles. The genome of some viruses is divided. When different pieces of the genome occur together in one type of particle the symbol indicates the total molecular weight of the pieces in the particle (e.g. clover wound tumor virus, R/2: ∑16/22: S/S: S. 1/Au), but when the pieces of the genome occur in different particles, the composition of each particles type is listed separately (e.g. tobacco rattle virus, R/1: 2.3/5+0.6 to 1.3/5: E/E: S/Ne).

30. Cryptogram GIBBS (3) ‏ 3 rd Pair Outline of particle/Outline nucleocapsid (the nucleic acid plus the protein most closely in contact with it) Symbols for both properties S = essentially spherical E = elongated with parallel sides, end not rounded U = elongated with parallel sides, end (s) rounded X = complex or none of above

31. Cryptogram GIBBS (4) ‏ 4 th Pair Kind of host infected/Kind of vector symbols for kind of host A = alga P = pteridophyte B = bacterium S = seed plant C = fungus V = vertebrate I = invertebrate M = mycoplasma Symbols for kind of vector Ac = mite and tick Gy = mirid, piesmid, or tingid bug Al = white-fly Ne = nematode Ap = aphid Ps = psylla Au = leaf-, plant, or tree hopper Si = flea Cc = mealy-bug Th = thrips Cl = beetle Ve = vectors known but none of above Di = fly and mosquito O = spreads without a vector via a contaminated environment Fu = fungus