Practicas bioinformatica para bachillerato

Practica bioinformatica

1. BIOINFORMÁTICA Práctica 2º bachillerato

2. Objetivos Adquirir conocimientos básicos sobre bioinformática. Conocer y utilizar las herramientas básicas disponibles. Buscar secuencias de nucleicas y proteicas en las bases de datos. Buscar información de secuencias nucleicas y proteicas. Visualizar estructuras de proteínas y ácidos nucleicos.

3. ¿Qué es la bioinformática? La bioinformática es un área interdisciplinaria que se ocupa de la aplicación de la informática para la recopilación, almacenamiento, organización, análisis, manipulación, presentación y distribución de información relativa a los datos biológicos .

4. Usos de la disciplina Organizar la información de forma accesible (Bases de Datos) Encontrar homólogos Establecer relaciones filogenéticas Medicina personalizada Diseño de fármacos Predicciones (estructura, interacciones, etc.) ETC

5. Cuanto antes, mejor

6. PREGUNTAS INICIALES

7. Dogma central DEGENERADO

8. Aminoácidos

9. Secuenciación del genoma Genoma: El genoma es el conjunto de instrucciones genéticas que se encuentra en una célula. Genómica: La genómica se refiere al estudio del genoma completo de un organismo, mientras que la genética se refiere al estudio de un gen en concreto.

10. Genoma humano

11. Obtener información

12. Principales bases de datos

13. NCBI - PubMed

14. PDB PDB ( Protein Data Bank) es una base de datos pública fundada en 1971 para datos estructurales (3D) de proteínas, ácidos nucléicos y otros. Proporciona herramientas para poder trabajar con sus datos. Cada estructura se caracteriza con un código propio formado por 4 letras y/o números.

15. Google books

16. ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS

17. ACTIVIDAD GUIADA: Péptidos antimicrobianos Problema: queremos diseñar un nuevo péptido antimicrobiano (AMP) Buscamos información en PubMed

18. ¿Qué son los AMP? Carga positiva Amfipáticos

19. ¿Qué son los AMP? Xenopus laevis GIGKFLHSAKKFGKAFVGEIMNSGGC

20. ACTIVIDAD GUIADA: Péptidos antimicrobianos Problema: queremos diseñar un nuevo péptido antimicrobiano (AMP) Buscamos información en PubMed Escogemos MG2 como péptido de partida. Tenemos el que utilizó el laboratorio ¿Cómo obtenemos la secuencia nucleotídica? BLASTp (p de protein / BLASTn de nucleotide )

21. BLASTp ?

22. Resultado del BLASTp ¿Qué pasará si hago un BLASTn con esta secuencia? IDENTIDAD 100%

23. ACTIVIDAD GUIADA: Péptidos antimicrobianos Problema: queremos diseñar un nuevo péptido antimicrobiano (AMP) Buscamos información en PubMed Escogemos PGLa como péptido de partida. Tenemos el que utilizó el laboratorio ¿Cómo obtenemos la secuencia nucleotídica? BLASTp (p de protein / BLASTn de nucleotide ) Queremos más información sobre nuestro péptido  UniProt

24. UniProt FILTRAR!

25. ACTIVIDAD GUIADA: Péptidos antimicrobianos Problema: queremos diseñar un nuevo péptido antimicrobiano (AMP) Buscamos información en PubMed Escogemos PGLa como péptido de partida. Tenemos el que utilizó el laboratorio ¿Cómo obtenemos la secuencia nucleotídica? BLASTp (p de protein / BLASTn de nucleotide ) Queremos más información sobre nuestro péptido  UniProt Buscad el ID de UniProt , nombre de la proteína, el nombre del gen, la función, tejido en el que se expresa y tipo de estructura secundaria Queremos visualizar el péptido  PDB

26. PDB

27. ACTIVIDAD GUIADA: Péptidos antimicrobianos Problema: queremos diseñar un nuevo péptido antimicrobiano (AMP) Buscamos información en PubMed Escogemos PGLa como péptido de partida. Tenemos el que utilizó el laboratorio ¿Cómo obtenemos la secuencia nucleotídica? BLASTp (p de protein / BLASTn de nucleotide ) Queremos más información sobre nuestro péptido  UniProt Queremos visualizar el péptido  PDB Buscad el DOI, si consideráis que es una buena/mala estructura, paper de la estructura, nº de cadenas, longitud de la cadena, estructura del gen, masa molecular, átomos totales, y una foto de la estructura con: uno sólo de sus modelos, marcando el radio atómico, color según sus residuos y con hidrógenos

28. ¿Tiene algún ligando esta proteína? ¿Cuál? ¿Porqué?