赛陆-华大空间转录组技术比较 spatial transcriptome techs

compare different spatial transcriptome techs

1. 9 空间转录组技术比较

2. 空间转录组技术比较 空间产品 STOmics SalusSTS 技术原理 原位捕获测序 原位捕获测序 捕获点直径 220nm 800nm 捕获点中心间距 500nm 1400nm 探针数量 /μm 2 <4000 (4 个 Spot) 18000±3000 UMI / 100μm 2 >1K >1K 探针连接方式 探针与蛋白直接连接，限制了组织透化试剂的选择。因为一些蛋白酶会把探针水解洗脱，使捕获效率降低 捕获探针与芯片基底共价（非肽键）相连，更稳固

3. 空间转录组技术比较：周期结构内捕获面积比 220nm 500nm 1400nm 800nm STOmics SalusSTS SalusSTS 周期结构内捕获面积比 = Πr 2 =3.14 * 400 * 400 / 1400 * 1400 = 25.63% STOmics 周期结构内捕获面积比 =Πr 2 = 3.14*110*110 / 500 * 500 ≈ 15.19%

4. 赛陆应用案例1-小鼠睾丸组织的空间转录组分析 小鼠睾丸组织细胞类型的聚类空间映射 单个细胞检测基因数分布 单个细胞检测 UMI 数分布 参数 实验结果 组织区域 13.2mm 2 小鼠基因数 50561 捕获基因数 17492 捕获UMI数（10x10μ㎡区域） 801 测序饱和度 0.53 SBC有效率 86% Mitochondria mRNA比例 15% rRNA比例 1.2%

5. 赛陆 应用案例 2 -小鼠脑组织的空间转录组分析 捕获mRNA分子数热图（25μm分辨率） 小鼠脑组织细胞类型注释及空间映射（25μm分辨率） 参数 实验结果 组织区域 33.2mm 2 小鼠基因数 50561 捕获基因数 18416 捕获UMI数（10x10μ㎡区域） 1015 测序饱和度 0.29 SBC有效率 83% Mitochondria mRNA比例 12% rRNA比例 0.5% 降维聚类展示大脑分区结构（25μm分辨率）

6. 小鼠嗅球组织细胞类型聚类的空间映射 小鼠肠组织细胞类型聚类的空间映射 小鼠肾组织细胞类型聚类的空间映射 小鼠嗅球组织捕获UMI数空间分布热图 小鼠肠组织捕获UMI数空间分布热图 小鼠肾组织捕获UMI数空间分布热图 赛陆 其他应用

7. 9 THANK YOU