Pruebas anatómicas y morfológicas. Órganos homólogos: tienen la misma estructura interna, aunque su forma externa y su función sea diferente. Por ejemplo la aleta de un delfín, un brazo humano y el ala de un murciélago tienen el mismo origen y estructura anatómica . L as especies con estos órganos han sufrido una evolución divergente. Órganos análogos: poseen una misma función pero sus estructuras internas son distintas. Por ejemplo el ala de un insecto y la de un ave, tienen estructuras internas distintas pero tienen la misma función volar, en este caso hablamos de evolución convergente.
Órganos vestigiales: en muchos seres vivos existen órganos atrofiados, no funcionales, que aparecen en antepasados antiguos perfectamente funcionales, pero que con el transcurso de las generaciones dejaron de ser útiles.
Pruebas embriológicas. están basadas en el estudio comparado del desarrollo embrionario de distintos seres vivos. Las primeras etapas del desarrollo embrionario de diferentes vertebrados son muy similares, lo que indica que provienen de un antepasado común . Estas semejanzas son una prueba de que existe un parentesco entre las especies. Cuanto mas alto sea el parecido entre embriones, mayor será el grado de parentesco entre dos especies. Durante el desarrollo embrionario es como si se produjese la historia evolutiva de los antepasados.
Pruebas biogeográficas. están basadas en la distribución geográfica de las especies. Cuando los organismos viven juntos evolucionan del mismo modo, pero cuando algunas poblaciones quedan aisladas, evolucionan de distinta forma hacia especies diferentes . Las encontramos repartidas en todo el planeta y consiste en la existencia de grupos de especies mas o menos parecidas, emparentadas que habitan lugares relacionados entre si por su proximidad, situación o características.