2. Analisis gen dan ekspresi gen (protein).pptx

pendidikan

1. Analisis gen dan ekspresi gen (Protein)

2. Central Dogma : menjelaskan mengenai proses perubahan gen dari DNA menjadi RNA, dan RNA menjadi protein .

3. Analisis Gen dan Ekspresi Gen Dapat dilakukan secara in vitro Isolasi DNA : merupakan suatu   teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni , yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan . Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar Polymerase Chain Reaction : sebuah teknik biologi molekuler untuk memperbanyak salinan suatu daerah rantai DNA yang spesifik .

4. https://genecraftlabs.com/prinsip-kerja-pcr-serta-penjelasannya/

5. (1) pra-denaturasi DNA templat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada templat (annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan (post- extension) .

6. Elektroforesis Gel Agarosa

7. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif ( anoda ), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif ( kation ) akan bergerak menuju kutub negatif ( anoda ). Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA. Hasil elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya band yang merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan potongan - potongan jumlah pasangan basanya

8. DNA sequencing : Pengurutan DNA adalah   proses atau teknik penentuan urutan basa nukleotida pada suatu molekul DNA

9. SDS-PAGE ( Sodium Dodecyl Sulphate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis ) : metode yang digunakan untuk mengetahui berat molekul dari suatu protein Western blot : teknik berbasis antibodi yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan , ukuran , dan kelimpahan suatu protein tertentu di antara sekumpulan protein dalam sampel . dll

10. Analisis Gen dan Ekspresi Gen Dapat pula dilakukan secara in silico  dengan Bioinformatics Membutuhkan database di bidang biologi molekuler Database tersebut dapat digunakan untuk Analisis DNA dan sequencing Prediksi struktur protein Pohon filogeni ( phylogenetic trees ) Jalur metabolisme dan regulasi Ekspresi gen dll

11. Bioinformatika ialah   ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati . Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika , statistika , dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi , terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino.

12. Tipe data dalam database biologi molekuler Data pada materi biologi secara alamiah  asam nukleat , protein, dll serta hubungan antara tiap materi tsb

13. Contoh pemanfaatan database Pencarian database umumnya berdasarkan analisis sekuen (DNA maupun protein) Misal  protein hemoglobin pada manusia hanya sedikit berbeda dari protein hemoglobin paus Kegunaan pencarian database tersebut  ketika mendapatkan suatu sekuen DNA atau protein yang belum diketahui fungsinya  dengan membandingkannya pada database  dapat diperkirakan fungsinya

14. Daftar Website Database

15. Alignment Sequence Nukleotida Dapat dilakukan melalui website www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI  The National Center for Biotechnology Menyimpan banyak database  protein, nukleotida , genom , dsb

16. Halaman Awal NCBI

17. Pilih Database untuk Alignment

18. Misal : Pada All Database  pilih Nukleotida  ketikkan genus atau spesies yang ingin dicari sekuennya Misal : Capsicum  pilih Search Akan ditunjukkan banyaknya sekuen nukleotida Capsicum yang ditemukan di database

19. Sekuen untuk Alignment

20. Sekuen Basa Nukleotida

21. Klik  FASTA

22. FASTA  untuk mendapatkan sekuen yang akan dialignment pada software Multalin ( dari Perancis )

23. Lakukan juga untuk Solanum demissum VIR 15174 haplotype 1 RB-like protein gene, partial cds Setelah muncul tampilan seperi sekuen basa nukleotida  KLIK FASTA Didapat sekuen yang juga akan dialignment pada software Multalin Sekuen dari Solanum hjertingli dan Solanum demissum  dicopy  di-alignment dengan software Multalin ( http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/)

24. Website Multalin Copy di sini

25. Pilih Start Multalin

26. Hasil Alignment sekuen nukleotida dari Solanum hjertingli dan S. demissum

27. Perbedaan warna menunjukkan perbedaan basa Warna merah  basa-basa yang conserved/ lestari  basa-basa yang tetap  tidak berubah meski terjadi mutasi

28. Buat alignment mu sendiri !