Bioinformatics Structure Function and Applications 1st Edition Nicholas R. Markham

Bioinformatics Structure Function and Applications 1st Edition Nicholas R. Markham
Bioinformatics Structure Function and Applications 1st Edition Nicholas R. Markham
Bioinformatics Structure Function and Applications 1st Edition Nicholas R. Markham

1. Visit ebookfinal.com to download the full version and
explore more ebooks or textbooks
Bioinformatics Structure Function and Applications
1st Edition Nicholas R. Markham
_____ Click the link below to download _____
https://ebookfinal.com/download/bioinformatics-structure-
function-and-applications-1st-edition-nicholas-r-markham/
Explore and download more ebooks or textbook at ebookfinal.com

2. Here are some recommended products that we believe you will be
interested in. You can click the link to download.
Bioinformatics Structure Function and Applications 1st
Edition Nicholas R. Markham
https://ebookfinal.com/download/bioinformatics-structure-function-and-
applications-1st-edition-nicholas-r-markham/
The insects structure and function Fifth Edition R F
Chapman
https://ebookfinal.com/download/the-insects-structure-and-function-
fifth-edition-r-f-chapman/
Starch in food structure function and applications 1st
Edition Robert A. Disilvestro
https://ebookfinal.com/download/starch-in-food-structure-function-and-
applications-1st-edition-robert-a-disilvestro/
Keratin Structure Properties and Applications Structure
Properties and Applications 1st Edition Renke Dullaart
https://ebookfinal.com/download/keratin-structure-properties-and-
applications-structure-properties-and-applications-1st-edition-renke-
dullaart/

3. Protein Bioinformatics From Sequence to Function 1st
Edition M. Michael Gromiha
https://ebookfinal.com/download/protein-bioinformatics-from-sequence-
to-function-1st-edition-m-michael-gromiha/
Structure and Function From clause to discourse and beyond
Christopher Butler
https://ebookfinal.com/download/structure-and-function-from-clause-to-
discourse-and-beyond-christopher-butler/
Joint Structure And Function A Comprehensive Analysis 4th
Edition Pamela Levangie
https://ebookfinal.com/download/joint-structure-and-function-a-
comprehensive-analysis-4th-edition-pamela-levangie/
Bioinformatics algorithms techniques and applications 1st
Edition Ion ManNdoiu
https://ebookfinal.com/download/bioinformatics-algorithms-techniques-
and-applications-1st-edition-ion-ma%cc%86ndoiu/
Neurotransmitter Transporters Structure Function and
Regulation 2nd Edition Maarten E. A. Reith
https://ebookfinal.com/download/neurotransmitter-transporters-
structure-function-and-regulation-2nd-edition-maarten-e-a-reith/

5. Bioinformatics Structure Function and Applications 1st
Edition Nicholas R. Markham Digital Instant Download
Author(s): Nicholas R. Markham, Michael Zuker (auth.), Jonathan M. Keith
PhD (eds.)
ISBN(s): 9781603274296, 1603274294
Edition: 1
File Details: PDF, 19.09 MB
Year: 2008
Language: english

7. Bioinformatics

8. 460. Essential Concepts in Toxicogenomics, edited by
Donna L. Mendrick and William B. Mattes, 2008
459. Prion Protein Protocols, edited by Andrew F. Hill, 2008
458. Artificial Neural Networks: Methods and Applica-
tions, edited by David S. Livingstone, 2008
457. Membrane Trafficking, edited by Ales Vancura, 2008
456. Adipose Tissue Protocols, Second Edition, edited by
Kaiping Yang, 2008
455. Osteoporosis, edited by Jennifer J. Westendorf, 2008
454. SARS- and Other Coronaviruses: Laboratory Proto-
cols, edited by Dave Cavanagh, 2008
453. Bioinformatics, Volume II: Structure, Function and
Applications, edited by Jonathan M. Keith, 2008
452. Bioinformatics, Volume I: Data, Sequence Analysis and
Evolution, edited by Jonathan M. Keith, 2008
451. Plant Virology Protocols: From Viral Sequence to Pro-
tein Function, edited by Gary Foster, Elisabeth Johansen,
Yiguo Hong, and Peter Nagy, 2008
450. Germline Stem Cells, edited by Steven X. Hou and
Shree Ram Singh, 2008
449. Mesenchymal Stem Cells: Methods and Protocols,
edited by Darwin J. Prockop, Douglas G. Phinney, and
Bruce A. Brunnell, 2008
448. Pharmacogenomics in Drug Discovery and Develop-
ment, edited by Qing Yan, 2008
447. Alcohol: Methods and Protocols, edited by Laura E.
Nagy, 2008
446. Post-translational Modification of Proteins: Tools for
Functional Proteomics, Second Edition, edited by
Christoph Kannicht, 2008
445. Autophagosome and Phagosome, edited by Vojo
Deretic, 2008
444. Prenatal Diagnosis, edited by Sinhue Hahn and Laird
G. Jackson, 2008
443. Molecular Modeling of Proteins, edited by Andreas
Kukol, 2008.
442. RNAi: Design and Application, edited by Sailen Barik,
2008
441. Tissue Proteomics: Pathways, Biomarkers, and Drug
Discovery, edited by Brian Liu, 2008
440. Exocytosis and Endocytosis, edited by Andrei I. Ivanov,
2008
439. Genomics Protocols, Second Edition, edited by Mike
Starkey and Ramnanth Elaswarapu, 2008
438. Neural Stem Cells: Methods and Protocols, Second
Edition, edited by Leslie P. Weiner, 2008
437. Drug Delivery Systems, edited by Kewal K. Jain, 2008
436. Avian Influenza Virus, edited by Erica Spackman, 2008
435. Chromosomal Mutagenesis, edited by Greg Davis and
Kevin J. Kayser, 2008
434. Gene Therapy Protocols: Volume 2: Design and Char-
acterization of Gene Transfer Vectors, edited by Joseph M.
LeDoux, 2008
433. Gene Therapy Protocols: Volume 1: Production and
In Vivo Applications of Gene Transfer Vectors, edited by
Joseph M. LeDoux, 2008
432. Organelle Proteomics, edited by Delphine Pflieger and
Jean Rossier, 2008
431. Bacterial Pathogenesis: Methods and Protocols, edited
by Frank DeLeo and Michael Otto, 2008
430. Hematopoietic Stem Cell Protocols, edited by Kevin D.
Bunting, 2008
429. Molecular Beacons: Signalling Nucleic Acid Probes,
Methods and Protocols, edited by Andreas Marx and
Oliver Seitz, 2008
428. Clinical Proteomics: Methods and Protocols, edited by
Antonia Vlahou, 2008
427. Plant Embryogenesis, edited by Maria Fernanda
Suarez and Peter Bozhkov, 2008
426. Structural Proteomics: High-Throughput Methods,
edited by Bostjan Kobe, Mitchell Guss, and Huber Thomas,
2008
425. 2D PAGE: Sample Preparation and Fractionation,
Volume 2, edited by Anton Posch, 2008
424. 2D PAGE: Sample Preparation and Fractionation,
Volume 1, edited by Anton Posch, 2008
423. Electroporation Protocols: Preclinical and Clinical
Gene Medicine, edited by Shulin Li, 2008
422. Phylogenomics, edited by William J. Murphy, 2008
421. Affinity Chromatography: Methods and Protocols, Sec-
ond Edition, edited by Michael Zachariou, 2008
420. Drosophila: Methods and Protocols, edited by Christian
Dahmann, 2008
419. Post-Transcriptional Gene Regulation, edited by Jeffrey
Wilusz, 2008
418. Avidin–Biotin Interactions: Methods and Applications,
edited by Robert J. McMahon, 2008
417. Tissue Engineering, Second Edition, edited by
Hannsjörg Hauser and Martin Fussenegger, 2007
416. Gene Essentiality: Protocols and Bioinformatics, edited
by Svetlana Gerdes and Andrei L. Osterman, 2008
415. Innate Immunity, edited by Jonathan Ewbank and Eric
Vivier, 2007
414. Apoptosis in Cancer: Methods and Protocols, edited by
Gil Mor and Ayesha Alvero, 2008
413. Protein Structure Prediction, Second Edition, edited
by Mohammed Zaki and Chris Bystroff, 2008
412. Neutrophil Methods and Protocols, edited by Mark
T. Quinn, Frank R. DeLeo, and Gary M. Bokoch,
2007
411. Reporter Genes: A Practical Guide, edited by Don
Anson, 2007
410. Environmental Genomics, edited by Cristofre C. Martin,
2007
409. Immunoinformatics:
Predicting Immunogenicity In
Silico, edited by Darren R. Flower, 2007
408. Gene Function Analysis, edited by Michael Ochs, 2007
407. Stem Cell Assays, edited by Vemuri C. Mohan, 2007
406. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, edited by
David Edwards, 2007
405. Telomerase Inhibition: Strategies and Protocols, edited
by Lucy Andrews and Trygve O. Tollefsbol, 2007
METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY™
John M. Walker, S ERIES EDITOR

9. METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY
™
Bioinformatics
Volume II
Structure, Function and Applications
Edited by
Jonathan M. Keith, PhD
School of Mathematical Sciences, Queensland University of Technology,
Brisbane, Queensland, Australia

10. ISBN: 978-1-60327-428-9 e-ISBN: 978-1-60327-429-6
ISSN 1064-3745 e-ISSN: 1940-6029
DOI: 10.1007/978-1-60327-429-6
Library of Congress Control Number: 20082922946
© 2008 Humana Press, a part of Springer Science+Business Media, LLC
All rights reserved. This work may not be translated or copied in whole or in part without the written permission of
the publisher (Humana Press, 999 Riverview Drive, Suite 208, Totowa, NJ 07512 USA), except for brief excerpts in
connection with reviews or scholarly analysis. Use in connection with any form of information storage and retrieval,
electronic adaptation, computer software, or by similar or dissimilar methodology now known or hereafter developed
is forbidden.
The use in this publication of trade names, trademarks, service marks, and similar terms, even if they are not identified
as such, is not to be taken as an expression of opinion as to whether or not they are subject to proprietary rights.
While the advice and information in this book are believed to be true and accurate at the date of going to press, nei-
ther the authors nor the editors nor the publisher can accept any legal responsibility for any errors or omissions that
may be made. The publisher makes no warranty, express or implied, with respect to the material contained herein.
Cover illustration: Fig. 1A, Chapter 23, “Visualization,” by Falk Schreiber (main image); and Fig. 4, Chapter 5, “The
Classification of Protein Domains,” by Russell L. Marsden and Christine A. Orengo (surrounding images)
Printed on acid-free paper
9 8 7 6 5 4 3 2 1
springer.com
Editor
Jonathan M. Keith
School of Mathematical Sciences
Queensland University of Technology
Brisbane, Queensland, Australia
[email protected]
Series Editor
John Walker
Hatfield, Hertfordshire AL10 9NP
UK

11. Preface
Bioinformatics is the management and analysis of data for the life sciences. As such, it
is inherently interdisciplinary, drawing on techniques from Computer Science, Statis-
tics, and Mathematics and bringing them to bear on problems in Biology. Moreover,
its subject matter is as broad as Biology itself. Users and developers of bioinformatics
methods come from all of these fields. Molecular biologists are some of the major
users of Bioinformatics, but its techniques are applicable across a range of life sciences.
Other users include geneticists, microbiologists, biochemists, plant and agricultural
scientists, medical researchers, and evolution researchers.
The ongoing exponential expansion of data for the life sciences is both the major
challenge and the raison d’être for twenty-first century Bioinformatics. To give one
example among many, the completion and success of the human genome sequencing
project, far from being the end of the sequencing era, motivated a proliferation of new
sequencing projects. And it is not only the quantity of data that is expanding; new types
of biological data continue to be introduced as a result of technological development
and a growing understanding of biological systems.
Bioinformatics describes a selection of methods from across this vast and expanding
discipline. The methods are some of the most useful and widely applicable in the field.
Most users and developers of bioinformatics methods will find something of value to
their own specialties here, and will benefit from the knowledge and experience of its 86 con-
tributing authors. Developers will find them useful as components of larger methods,
and as sources of inspiration for new methods. Volume II, Section IV in particular
is aimed at developers; it describes some of the “meta-methods”—widely applicable
mathematical and computational methods that inform and lie behind other more special-
ized methods—that have been successfully used by bioinformaticians. For users of bioin-
formatics, this book provides methods that can be applied as is, or with minor variations
to many specific problems. The Notes section in each chapter provides valuable insights
into important variations and when to use them. It also discusses problems that can arise
and how to fix them. This work is also intended to serve as an entry point for those who
are just beginning to discover and use methods in bioinformatics. As such, this book is
also intended for students and early career researchers.
As with other volumes in the Methods in Molecular Biology™ series, the intention
of this book is to provide the kind of detailed description and implementation advice
that is crucial for getting optimal results out of any given method, yet which often is not
incorporated into journal publications. Thus, this series provides a forum for the com-
munication of accumulated practical experience.
The work is divided into two volumes, with data, sequence analysis, and evolution
the subjects of the first volume, and structure, function, and application the subjects of
the second. The second volume also presents a number of “meta-methods”: techniques
that will be of particular interest to developers of bioinformatic methods and tools.
Within Volume I, Section I deals with data and databases. It contains chapters on
a selection of methods involving the generation and organization of data, including
v

12. sequence data, RNA and protein structures, microarray expression data, and func-
tional annotations.
Section II presents a selection of methods in sequence analysis, beginning with
multiple sequence alignment. Most of the chapters in this section deal with methods
for discovering the functional components of genomes, whether genes, alternative
splice sites, non-coding RNAs, or regulatory motifs.
Section III presents several of the most useful and interesting methods in phylogenetics
and evolution. The wide variety of topics treated in this section is indicative of the breadth
of evolution research. It includes chapters on some of the most basic issues in phylogenet-
ics: modelling of evolution and inferring trees. It also includes chapters on drawing infer-
ences about various kinds of ancestral states, systems, and events, including gene order,
recombination events and genome rearrangements, ancestral interaction networks, lateral
gene transfers, and patterns of migration. It concludes with a chapter discussing some of
the achievements and challenges of algorithm development in phylogenetics.
In Volume II, Section I, some methods pertinent to the prediction of protein and
RNA structures are presented. Methods for the analysis and classification of structures
are also discussed.
Methods for inferring the function of previously identified genomic elements
(chiefly protein-coding genes) are presented in Volume II, Section II. This is another
very diverse subject area, and the variety of methods presented reflects this. Some
well-known techniques for identifying function, based on homology, “Rosetta stone”
genes, gene neighbors, phylogenetic profiling, and phylogenetic shadowing are
discussed, alongside methods for identifying regulatory sequences, patterns of expres-
sion, and participation in complexes. The section concludes with a discussion of a
technique for integrating multiple data types to increase the confidence with which
functional predictions can be made. This section, taken as a whole, highlights the
opportunities for development in the area of functional inference.
Some medical applications, chiefly diagnostics and drug discovery, are described in
Volume II, Section III. The importance of microarray expression data as a diagnostic
tool is a theme of this section, as is the danger of over-interpreting such data. The case
study presented in the final chapter highlights the need for computational diagnostics
to be biologically informed.
The final section presents just a few of the “meta-methods” that developers of
bioinformatics methods have found useful. For the purpose of designing algorithms,
it is as important for bioinformaticians to be aware of the concept of fixed parameter
tractability as it is for them to understand NP-completeness, since these concepts often
determine the types of algorithms appropriate to a particular problem. Clustering is
a ubiquitous problem in Bioinformatics, as is the need to visualize data. The need to
interact with massive data bases and multiple software entities makes the development
of computational pipelines an important issue for many bioinformaticians. Finally, the
chapter on text mining discusses techniques for addressing the special problems of
interacting with and extracting information from the vast biological literature.
Jonathan M. Keith
vi Preface

13. Contents
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
Contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ix
Content of Volume I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii
SECTION I: STRUCTURES
1. UNAFold: Software for Nucleic Acid Folding and Hybridization . . . . . . . . . . . . . . 3
Nicholas R. Markham and Michael Zuker
2. Protein Structure Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Bissan Al-Lazikani, Emma E. Hill, and Veronica Morea
3. An Introduction to Protein Contact Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Nicholas Hamilton and Thomas Huber
4. Analysis of Mass Spectrometry Data in Proteomics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Rune Matthiesen and Ole N. Jensen
5. The Classification of Protein Domains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Russell L. Marsden and Christine A. Orengo
SECTION II: INFERRING FUNCTION
6. Inferring Function from Homology. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Richard D. Emes
7. The Rosetta Stone Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Shailesh V. Date
8. Inferring Functional Relationships from Conservation of Gene Order . . . . . . . . . . 181
Gabriel Moreno-Hagelsieb
9. Phylogenetic Profiling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Shailesh V. Date and José M. Peregrín-Alvarez
10. Phylogenetic Shadowing: Sequence Comparisons of Multiple
Primate Species . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
Dario Boffelli
11. Prediction of Regulatory Elements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233
Albin Sandelin
12. Expression and Microarrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
Joaquín Dopazo and Fátima Al-Shahrour
13. Identifying Components of Complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257
Nicolas Goffard and Georg Weiller
14. Integrating Functional Genomics Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267
Insuk Lee and Edward M. Marcotte
SECTION III: APPLICATIONS AND DISEASE
15. Computational Diagnostics with Gene Expression Profiles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281
Claudio Lottaz, Dennis Kostka, Florian Markowetz, and Rainer Spang
vii

14. 16. Analysis of Quantitative Trait Loci. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 297
Mario Falchi
17. Molecular Similarity Concepts and Search Calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327
Jens Auer and Jürgen Bajorath
18. Optimization of the MAD Algorithm for Virtual Screening . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349
Hanna Eckert and Jürgen Bajorath
19. Combinatorial Optimization Models for Finding Genetic Signatures
from Gene Expression Datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363
Regina Berretta, Wagner Costa, and Pablo Moscato
20. Genetic Signatures for a Rodent Model of Parkinson’s Disease
Using Combinatorial Optimization Methods. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 379
Mou’ath Hourani, Regina Berretta, Alexandre Mendes,
and Pablo Moscato
SECTION IV: ANALYTICAL AND COMPUTATIONAL METHODS
21. Developing Fixed-Parameter Algorithms to Solve Combinatorially
Explosive Biological Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 395
Falk Hüffner, Rolf Niedermeier, and Sebastian Wernicke
22. Clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 423
Geoffrey J. McLachlan, Richard W. Bean, and Shu-Kay Ng
23. Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 441
Falk Schreiber
24. Constructing Computational Pipelines. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 451
Mark Halling-Brown and Adrian J. Shepherd
25. Text Mining . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 471
Andrew B. Clegg and Adrian J. Shepherd
Index. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493
viii Contents

15. Contributors
BISSAN AL-LAZIKANI Biofocus DPI, London, United Kingdom
F
ÁTIMA AL-SHAHROUR Department of Bioinformatics, Centro de Investigación
Príncipe Felipe (CIPF), Valencia, Spain
J
ENS AUER Department of Life Science Informatics, Bonn-Aachen International
Center for Information Technology (B-IT), Rheinische Friedrich-Wilhelms-University
Bonn, Bonn, Germany
J
ÜRGEN BAJORATH Professor and Chair of Life Science Informatics, Department of
Life Science Informatics, Bonn-Aachen International Center for Information Technology
(B-IT), Rheinische Friedrich-Wilhelms-University Bonn, Bonn, Germany
R
ICHARD W. BEAN ARC Centre of Excellence in Bioinformatics, and Institute for
Molecular Bioscience, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia
R
EGINA BERRETTA Centre of Bioinformatics, Biomarker Discovery and Information-
Based Medicine, The University of Newcastle, Callaghan, New South Wales, Australia
D
ARIO BOFFELLI Children’s Hospital Oakland Research Institute, Oakland, CA
A
NDREW B. CLEGG Institute of Structural Molecular Biology, School of Crystallography,
Birkbeck College, University of London, London, United Kingdom
W
AGNER COSTA School of Electrical Engineering and Computer Science, The University
of Newcastle, Callaghan, New South Wales, Australia
S
HAILESH V. DATE PENN Center for Bioinformatics, Department of Genetics, University
of Pennsylvania School of Medicine, Philadelphia, PA
J
OAQUÍN DOPAZO Department of Bioinformatics, Centro de Investigación Príncipe
Felipe (CIPF), Valencia, Spain
H
ANNA ECKERT Department of Life Science Informatics, Bonn-Aachen International
Center for Information Technology (B-IT), Rheinische Friedrich-Wilhelms-University
Bonn, Bonn, Germany
R
ICHARD D. EMES Department of Biology, University College London, London, United
Kingdom
M
ARIO FALCHI Twin Research and Genetic Epidemiology Unit, King’s College London
School of Medicine, London, United Kingdom
N
ICOLAS GOFFARD Research School of Biological Sciences and ARC Centre of Excellence
for Integrative Legume Research, The Australian National University, Canberra,
Australian Capital Territory, Australia
M
ARK HALLING-BROWN Institute of Structural Molecular Biology, School of Crystallography,
Birkbeck College, University of London, London, United Kingdom
N
ICHOLAS HAMILTON ARC Centre of Excellence in Bioinformatics, Institute for
Molecular Bioscience and Advanced Computational Modelling Centre, The University
of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia
E
MMA E. HILL The Journal of Cell Biology, Rockefeller University Press, New York, NY
ix

16. MOU’ATH HOURANI Newcastle Bioinformatics Initiative, School of Electrical Engineer-
ing and Computer Science, The University of Newcastle, Callaghan, New South Wales,
Australia
T
HOMAS HUBER School of Molecular and Microbial Sciences and Australian Institute
for Bioengineering and Nanotechnology, The University of Queensland, Brisbane,
Queensland, Australia
F
ALK HÜFFNER Institut für Informatik, Friedrich-Schiller-Universität Jena, Jena,
Germany
O
LE N. JENSEN Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of
Southern Denmark, Odense, Denmark
J
ONATHAN M. KEITH School of Mathematical Sciences, Queensland University of
Techno logy, Brisbane, Queensland, Australia
D
ENNIS KOSTKA Max Planck Institute for Molecular Genetics and Berlin Center for
Genome-Based Bioinformatics, Berlin, Germany
I
NSUK LEE Center for Systems and Synthetic Biology, Institute for Molecular Biology,
University of Texas at Austin, Austin, TX
C
LAUDIO LOTTAZ Max Planck Institute for Molecular Genetics and Berlin Center for
Genome-Based Bioinformatics, Berlin, Germany
E
DWARD M. MARCOTTE Center for Systems and Synthetic Biology, and Department of
Chemistry and Biochemistry, Institute for Molecular Biology, University of Texas at
Austin, Austin, TX
N
ICHOLAS R. MARKHAM Xerox Litigation Services, Albany, NY
F
LORIAN MARKOWETZ Max Planck Institute for Molecular Genetics and Berlin Center
for Genome-Based Bioinformatics, Berlin, Germany
R
USSELL L. MARSDEN Biochemistry and Molecular Biology Department, University
College London, London, United Kingdom
R
UNE MATTHIESEN CIC bioGUNE, Bilbao, Spain
G
EOFFREY J. MCLACHLAN ARC Centre of Excellence in Bioinformatics, Institute for
Molecular Bioscience, and Department of Mathematics, The University of Queensland,
Brisbane, Queensland, Australia
A
LEXANDRE MENDES Centre of Bioinformatics, Biomarker Discovery and Information-
Based Medicine, The University of Newcastle, Callaghan, New South Wales, Australia
V
ERONICA MOREA National Research Council (CNR), Institute of Molecular Biology
and Pathology (IBPN), Rome, Italy
G
ABRIEL MORENO-HAGELSIEB Department of Biology, Wilfrid Laurier University,
Waterloo, Ontario, Canada
P
ABLO MOSCATO ARC Centre of Excellence in Bioinformatics, and Centre of Bioin-
formatics, Biomarker Discovery and Information-Based Medicine, The University of
Newcastle, Callaghan, New South Wales, Australia
S
HU-KAY NG Department of Mathematics, The University of Queensland, Brisbane,
Queensland, Australia
R
OLF NIEDERMEIER Institut für Informatik, Friedrich-Schiller-Universität Jena,
Jena, Germany
C
HRISTINE A. ORENGO Biochemistry and Molecular Biology Department, University
College London, London, United Kingdom
J
OSÉ M. PEREGRÍN-ALVAREZ Hospital for Sick Children, Toronto, Ontario, Canada
x Contributors

17. ALBIN SANDELIN The Bioinformatics Centre, Department of Molecular Biology and
Biotech Research and Innovation Centre, University of Copenhagen, Copenhagen,
Denmark
F
ALK SCHREIBER Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)
Gatersleben, Germany and Institute for Computer Science, Martin-Luther University
Halle-Wittenberg, Germany
A
DRIAN J. SHEPHERD Institute of Structural Molecular Biology, School of Crystallography,
Birkbeck College, University of London, London, United Kingdom
R
AINER SPANG Max Planck Institute for Molecular Genetics and Berlin Center for
Genome-Based Bioinformatics, Berlin, Germany
G
EORG F. WEILLER Research School of Biological Sciences and ARC Centre of Excellence
for Integrative Legume Research, The Australian National University, Canberra,
Australian Capital Territory, Australia
S
EBASTIAN WERNICKE Institut für Informatik, Friedrich-Schiller-Universität Jena,
Jena, Germany
M
ICHAEL ZUKER Mathematical Sciences and Biology Department, Rensselaer Polytechnic
Institute, Troy, NY
Contributors xi

18. Contents of Volume I
SECTION I: DATA AND DATABASES
1. Managing Sequence Data
Ilene Karsch Mizrachi
2. RNA Structure Determination by NMR
Lincoln G. Scott and Mirko Hennig
3. Protein Structure Determination by X-Ray Crystallography
Andrea Ilari and Carmelinda Savino
4. Pre-Processing of Microarray Data and Analysis
of Differential Expression
Steffen Durinck
5. Developing an Ontology
Midori A. Harris
6. Genome Annotation
Hideya Kawaji and Yoshihide Hayashizaki
SECTION II: SEQUENCE ANALYSIS
7. Multiple Sequence Alignment
Walter Pirovano and Jaap Heringa
8. Finding Genes in Genome Sequence
Alice Carolyn McHardy
9. Bioinformatics Detection of Alternative Splicing
Namshin Kim and Christopher Lee
10. Reconstruction of Full-Length Isoforms from Splice Graphs
Yi Xing and Christopher Lee
11. Sequence Segmentation
Jonathan M. Keith
12. Discovering Sequence Motifs
Timothy L. Bailey
SECTION III: PHYLOGENETICS AND EVOLUTION
13. Modeling Sequence Evolution
Pietro Liò and Martin Bishop
14. Inferring Trees
Simon Whelan
15. Detecting the Presence and Location of Selection in Proteins
Tim Massingham
16. Phylogenetic Model Evaluation
Lars Sommer Jermiin, Vivek Jayaswal, Faisal Ababneh,
and John Robinson
xiii

19. 17. Inferring Ancestral Gene Order
Julian M. Catchen, John S. Conery, and John H. Postlethwait
18. Genome Rearrangement by the Double Cut and Join Operation
Richard Friedberg, Aaron E. Darling, and Sophia Yancopoulos
19. Inferring Ancestral Protein Interaction Networks
José M. Peregrín-Alvarez
20. Computational Tools for the Analysis of Rearrangements
in Mammalian Genomes
Guillaume Bourque and Glenn Tesler
21. Detecting Lateral Genetic Transfer: A Phylogenetic Approach
Robert G. Beiko and Mark A. Ragan
22. Detecting Genetic Recombination
Georg F. Weiller
23. Inferring Patterns of Migration
Paul M.E. Bunje and Thierry Wirth
24. Fixed-Parameter Algorithms in Phylogenetics
Jens Gramm, Arfst Nickelsen, and Till Tantau
Index
xiv Contents of Volume I

20. Chapter 1
UNAFold
Software for Nucleic Acid Folding
and Hybridization
Nicholas R. Markham and Michael Zuker
Abstract
The UNAFold software package is an integrated collection of programs that simulate folding, hybridiza-
tion, and melting pathways for one or two single-stranded nucleic acid sequences. The name is derived 
from “Unified Nucleic Acid Folding.” Folding (secondary structure) prediction for single-stranded RNA 
or DNA combines free energy minimization, partition function calculations and stochastic sampling. For 
melting simulations, the package computes entire melting profiles, not just melting temperatures. UV 
absorbance at 260 nm, heat capacity change (C
p
), and mole fractions of different molecular species are 
computed as a function of temperature. The package installs and runs on all Unix and Linux platforms 
that we have looked at, including Mac OS X. Images of secondary structures, hybridizations, and dot 
plots may be computed using common formats. Similarly, a variety of melting profile plots is created 
when appropriate. These latter plots include experimental results if they are provided. The package is 
“command line” driven. Underlying compiled programs may be used individually, or in special combina-
tions through the use of a variety of Perl scripts. Users are encouraged to create their own scripts to sup-
plement what comes with the package. This evolving software is available for download at http:/ /www.
bioinfo.rpi.edu/applications/hybrid/download.php.
Key words: RNA folding, nucleic acid hybridization, nucleic acid melting profiles (or DNA melting 
profiles), free energy minimization, partition functions, melting temperature.
The UNAFold software predicts nucleic acid foldings, hybridi-
zations, and melting profiles using energy-based methods and 
a general computational technique known as dynamic program-
ming (1). Early software for RNA folding predicted minimum 
1. Introduction1. Introduction
Jonathan M. Keith (ed.), Bioinformatics, Volume II: Structure, Function and Applications, vol. 453
© 2008 Humana Press, a part of Springer Science + Business Media, Totowa, NJ
Book doi: 10.1007/978-1-60327-429-6 Springerprotocols.com
3

21. 4 Markham and Zuker
free energy foldings only (2–6). It became clear early on that such 
methods were unreliable in the sense that many different fold-
ings, with free energies close to the computed minimum, could 
exist. Although constraints deduced from experiments or phylo-
genetic analyses could be applied to reduce uncertainty, a method 
to compute a variety of close to optimal foldings was needed.
The mfold software (7–10) computes a collection of optimal 
and suboptimal foldings as well as a triangular-shaped plot called 
an energy dot plot (EDP). The EDP contains a dot or other 
symbol in row i and column j (i < j) to indicate that the base pair 
between the ith and jth nucleotides can occur in a folding within 
some user prescribed free energy increment from the minimum. 
The Vienna RNA Package (Vienna RNA) (11–13) differs funda-
mentally from mfold because the underlying algorithm computes 
partition functions, rather than minimum free energies. This 
leads naturally to the computation of base pair probabilities (14)
and what they call “boxplots.” We call these triangular shaped 
plots probability dot plots (PDPs). In this case, all base pairs with 
probabilities above a certain threshold are plotted as boxes (or 
other symbols) whose area is proportional to the probability of 
that base pair. This software can compute all possible foldings 
close to optimal. The sfold package (15–17) also computes parti-
tion functions, but it uses a simpler algorithm than the Vienna 
RNA package because base pair probabilities are not computed 
directly (exactly). Instead, it computes a “statistically valid sam-
ple” (Gibbs sample) that permits the estimation of not only base 
pair probabilities, but probabilities of any desired motif(s). UNA-
Fold encompasses all three methods by computing minimum and 
suboptimal foldings in the mfold style, and full partition func-
tions that allow both exact base pair computations as well as sto-
chastic sampling. In addition, stochastic sampling may be used to 
compute both ensemble enthalpy and ensemble heat capacity for 
single sequence folding.
For practical applications, it is common to use crude methods, 
often ad hoc, to compute melting temperatures for dimers. It is 
usual to assume that hybridized strands are perfectly complementary. 
When mismatches are permitted, they are few and isolated. There is 
no question about base pairs and no computations are required to 
determine the hybridization. For example, the simple case:
5′-ACGGtCCAGCAA-3 ′
3′-TGCCgGGTCGTT-5 ′
shows the dimerization of two almost complementary 12-mers. 
Note the single T⋅G wobble pair. A computer is not needed to 
compute the hybridization. A calculator would be helpful in add-
ing up nearest neighbor free energies and enthalpies from pub-
lished tables (18–20), and a computer would be needed to process 
thousands of these dimers. In any case, free energy at 37°C, ∆G 

22. UNAFold 5
(or DG
37
) and enthalpy, ∆H, are easily computed. From this, the 
entropy, ∆S, is easily computed as:
 
∆×
∆−∆
S=
HG
T
1000 ,
 
where T is the hybridization temperature (K) and the factor of 1000 
expresses ∆S in e.u. (entropy units; 1 e.u. = 1 cal/mol/K). The 
terms “free energy,” “enthalpy,” and “entropy” are really changes in 
free energy, enthalpy, and entropy with respect to the “random coil 
state.” In reality, “random coil” is a large ensemble of states. The free 
energy and enthalpy of this ensemble of states may be (and is) set to 
zero. Only entropy cannot be arbitrarily assigned. Thus a ∆S term 
is Rln(N/N
ref
), where R is the universal gas constant, 1.9872 e.u.; 
N is the number of states consistent with hybridization; and N
ref
 is the 
number of states, always larger, in the unconstrained “random coil.”
The simplest model for hybridization assumes that there are 
two states: hybridized, where the structure is unique and known, 
and “random coil.” It is then a simple matter to deduce a melt-
ing temperature, T
m
, at which half of the dimers have dissociated. 
The formula is given by:
 
T
f
m
=
H
S+R
1000
ln(C
t
×
∆
∆ )
,
 
[1]
where ∆H, ∆S (expressed in e.u.) and R have already been defined, C
t
 
is the total strand concentration, and f = 4 when the two strands are 
different and f = 1 when self-hybridization takes place. This formula 
implicitly assumes that both strands are present in equal concentra-
tions. Competition with folding and with other possible hybridiza-
tions, such as homodimer formation, is not considered at all.
UNAFold offers a number of increasingly sophisticated ways 
to compute melting temperatures and also computes entire melt-
ing profiles: UV absorbance at 260 nm, heat capacity (C
p
), and 
mole fractions of various single and double-stranded molecu-
lar species as a function of temperature. Even when Equation 
[1] is used, the hybridization is computed by minimizing free 
energy. The various levels of complexity and choice of methods 
are described in the following.
It is important to issue a warning to those who wish to apply 
these methods to microarrays. Hybridization on microarrays is 
complicated by the fact that one of each hybridizing pair is immo-
bilized. It is difficult to compute the effective “solution concentra-
tion” for such molecules, and diffusion is probably an important 
factor in slowing the time necessary to reach equilibrium. How-
ever, even for hybridization in solution, kinetic simulations that 
treat different probe-target pairs independently can lead to totally 
incorrect results for the time required to reach equilibrium as well 
as the equilibrium concentrations themselves (21).

23. 6 Markham and Zuker
It is important to emphasize that the computations used by 
the UNAFold software are based on a number of assumptions.
 1.  The simulations are for molecules in solution. For microar-
rays, computing an effective concentration of the immobilized 
oligos is necessary. One needs to estimate the “surface phase 
concentration,” c, in units such as “molecules/cm
2
,” and the 
solution volume per cm
2
 of surface area, n (L/cm
2
) (21).
  2.  The system contains one or two different molecules. If, for 
example, a true system contains three different oligos, A, B 
and C, then some common sense must be used. If A and B 
do not hybridize with each other over the temperature range 
of interest, then A and C could be simulated separately from 
B and C if, in addition, the concentration of C is a couple of 
orders of magnitude greater than that for both A and B.
  3.  The computations assume that the system is in equilibrium. 
Thus, the melting profile predictions assume that tempera-
ture changes are slow enough so that the system is always at 
equilibrium. When this is not true, observed melting profiles 
depend on the rate of temperature change. In particular, a 
hysteresis effect can be observed. For example, even if the 
temperature is raised at a uniform rate from T
0
 to T
1
, and 
then brought down to T
0
 at the same rate, the measured UV 
absorbance profiles for melting and cooling may differ.
The UNAFold package compiles and runs on many platforms. 
Table 1.1 lists a few operating system/architecture combinations 
under which the package is known to work.
In fact, the UNAFold package is not known not to run on 
any platform. The software should function on any system having 
the following basic tools:
● A Unix-style shell.
● Make.
● A C compiler.
● A Perl interpreter.
As noted, UNAFold requires only some very basic tools to build 
and run. However, there are several optional libraries and pro-
grams that provide additional functionality when installed:
● gnuplot: If gnuplot is detected, the hybrid2.pl script will use 
it to produce several plots in Postscript format.
● OpenGL/glut: If OpenGL and the glut library (22) are 
detected, the hybrid-plot program will be built.
2. Materials: The
UNAFold Software
2. Materials: The
UNAFold Software
2.1. Supported
Platforms
2.1. Supported
Platforms
2.2. Dependencies2.2. Dependencies

24. UNAFold 7
● gd: If the gd library is detected, the hybrid-plot-ng program 
will use it to create images in GIF, JPEG, and/or PNG for-
mats directly. (With or without this library, hybrid-plot-ng 
creates Postscript files which can be converted to virtually 
any other image format.)
The UNAFold software is available for download at http:/ /www.
bioinfo.rpi.edu/applications/hybrid/download.php. Binaries 
for Linux (in RPM format) and Windows (in EXE format) are 
available along with the source code.
After downloading and unpacking, building the software 
consists of three steps:
● Configuration: Usually this is as simple as typing ./config-
ure. Running ./configure --help lists options that may be 
used to configure installation locations, specify locations of 
libraries, and set compiler options.
● Compilation: A single command—make—compiles and links 
all programs.
● Installation: Typing make install copies the programs, scripts, 
documentation, and data files to the location set with the 
configure script.
The core programs in UNAFold are written in C and are opti-
mized when compiled since they are computationally intensive. 
Man pages exist for all of these programs. In addition, invoking 
any program with the --help option will generate an abbreviated 
set of instructions. Some programs have counterparts formed by 
2.3. Downloading
and Installing
2.3. Downloading
and Installing
2.4. Core Programs2.4. Core Programs
Table 1.1
Some platforms supported by the
UNAFold package
Operating system Architecture
Linux x86
Linux x86_64
FreeBSD x86
SunOS sparc
IRIX mips
IRIX64 mips
AIX powerpc
MacOS powerpc
MS Windows x86

25. 8 Markham and Zuker
adding the suffix -same. When simulating a one-sequence ensem-
ble (in which the dominant dimer is a homodimer rather than a 
heterodimer) the -same version replaces the regular one.
● Folding:
—  hybrid-ss: Computes full partition functions for folding 
RNA or DNA. It may be run using the --energyOnly 
option, in which case the probabilities of base pairs and 
of single-stranded nucleotides and dinucleotides will 
not be computed, saving significant time and memory. 
It may also be run with the --tracebacks option to gen-
erate a stochastic sample of foldings. UNAFold also 
includes two simplified versions of hybrid-ss: hybrid-
ss-simple and hybrid-ss-noml. hybrid-ss-simple assigns 
fixed entropic costs to multibranch loops and ignores 
single-base stacking, while hybrid-ss-noml does not 
allow multibranch loops at all.
—  hybrid-ss-min: Computes minimum energy foldings. It 
can predict a single, minimum free energy folding or, 
using an extended algorithm, generate an mfold-like 
collection of foldings and an EDP. For fast folding of 
many sequences with the same parameters, the --stream 
option reads sequences, one at a time, from standard 
input and writes free energies to standard output.
● Hybridization:
—  hybrid: Computes full partition functions for hybridiz-
ing RNA or DNA (without intramolecular base pairs). 
The --energyOnly and --tracebacks options function as 
in hybrid-ss.
—  hybrid-min: Computes minimum energy hybridiza-
tions. The --mfold and --stream options function as in 
hybrid-ss-min.
● Ensemble computations:
These programs rely on the output of the core programs.
—  concentration(-same): Computes the mole fractions 
of different molecular species using the already com-
puted free energies for individual monomer (folded) 
and dimer (hybridized) species.
—  ensemble-dg(-same): Computes ensemble free ener-
gies using species free energies and computed mole 
fractions.
—  ensemble-ext(-same): Computes UV absorbance at 
260 nm using computed probabilities for single-strand-
edness of nucleotides and (optionally) dinucleotides, 
computed mole fractions, and published extinction 
coefficients (23).

26. Discovering Diverse Content Through
Random Scribd Documents

27. muodinmukaiset antikisoivat naisten vaatteet peittävät melkein
näkymättömiin, erittäin siro, solakka ja kevyt, esiintyen siten
vanhemmassa puvussa erittäin edullisena. Arkkitehti oli pitänyt
huolta valkoisen silkin runsaiden laskosten mitä taiteellisimmasta ja
luontevimmasta järjestämisestä, joten tämä elävä jäljennös
kieltämättä oli alkuteosta paljon etevämpi ja herätti yleistä ihastusta.
Uusintavaatimukset eivät tahtoneet ottaa loppuaksensa, ja aivan
luonnollinen halu saada nähdä tuo kaunis olento, jota oli
selkäpuolelta kyllikseen katseltu, myöskin kasvoista kasvoihin, kiihtyi
siinä määrin, että eräs kärsimätön veitikka huusi ääneen ja kaikkien
mieliksi ne sanat, jotka toisinaan kirjoitetaan sivun alareunaan:
tournez s'il vous plait. Esittäjät kuitenkin tiesivät niin hyvin, mikä oli
heille edullista, ja olivat niin selvillänäiden taideteosten olemuksesta,
etteivät noudattaneet yleistäkehoitusta. Tytär, joka näytti olevan
häpeissään, jäi rauhallisena seisomaan osoittamatta katsojille
kasvojensa ilmettä, isä istui yhävaroittavassa asennossansa, ja äiti
syventyi yhä nenin ja silminläpikuultavaan lasiin, josta viini ei
vähentynyt, vaikka hän näytti juovan. — Mitäpä olisikaan vielä paljoa
sanottavaa niistä pienistä jälkikuvaelmista, joiden aiheiksi oli valittu
alankomaisia ravintola-ja markkinakohtauksia?
Kreivi ja paronitar matkustivat pois luvaten palata läheisen liittonsa
ensimmäisinä onnellisina viikkoina, ja Charlotta toivoi nyt, kahden
vaivalloisesti kestetyn kuukauden jälkeen, pääsevänsä eroon
muistakin vieraistansa. Hän oli varma siitä, että tytär tulisi
onnelliseksi, kunhan morsiusajan ja nuoruuden ensi huume ehtisi
talttua, sillä sulhanen piti itseänsä maailman onnellisimpana
ihmisenä. Varakasta jaluonnonlaadultansa maltillista miestä näytti
ihmeellisesti imartelevan se seikka, että hän yksin sai omistaa
naisen, jonka täytyi miellyttää kaikkia ihmisiä. Hän taipui aivan
omituiseen tapaan suhteistamaan kaikki morsiameensa ja vasta

28. hänen välityksellään itseensä, vieläpä siinä määrin, että hänestä
tuntui epämieluisalta, ellei uusi tulija kohta kiinnittänyt Lucianaan
koko huomiotansa ja pyrkinyt hänen, paronin, kanssa lähempään
tuttavuuteen, kuten varsinkin vanhemmat henkilöt hänen hyvien
ominaisuuksiensa vuoksi useasti tekivät, erikoisesti Lucianasta
välittämättä. Mitä arkkitehtiin tulee, saatiin asia piankin järjestykseen.
Uudelta vuodelta piti hänen lähteä paronin mukaan ja viettää hänen
kerallansa karnevaaliaika kaupungissa, missä Luciana toivoi
kauniisti järjestettyjen kuvaelmien uusinnasta jatuhansista muista
asioista mitä suurinta nautintoa, varsinkin kun täti ja sulhanen
näyttivät pitävän vähäpätöisenä jokaista hänen huvinsavaatimaa
kustannusta.
Nyt piti erottaman, mutta se ei voinut tapahtua jokapäiväiseen
kuosiin. Pilailtiin kerran verrattain äänekkäästi, että Charlottan
talvivarat olivat nyt piankin loppuun kulutetut, kun se, tosin sangen
rikas kelpo mies, joka oli esittänyt Belisariusta ja nyt jo kauan
esiintynyt Lucianan hurmaantuneena ihailijana, harkitsemattansa
huudahti: Otetaanpa siis käytäntöön puolalainen järjestys! Tulkaa te
nyt kuluttamaan loppuun mitä minulla on, ja niin tulkoon kunkin vuoro
aikanansa. Sanottu ja tehty: Luciana suostui. Seuraavana päivänä
säälittiin matkatavarat kokoon ja parvi lensi toiseen kartanoon.
Sielläkin oli riittävästi tilaa, mutta puuttui mukavuutta ja hyvää
järjestystä. Siitä koitui paljon sopimattomuutta, mikä vasta teki
Lucianan oikein onnelliseksi. Elämä kävi yhä hurjemmaksi. Pantiin
toimeen ajojahteja syvissä lumikinoksissa ja mitä muuta hankalaa
suinkin vain keksittiin. Naiset eivät saaneet jäädä pois enempää kuin
miehetkään, ja niin siirryttiin, ajaen ja ratsastaen, meluavina
rekiseurueina, kartanosta toiseen, kunnes vihdoin lähestyttiin
pääkaupunkia. Kertomukset siitä, miten hovissa ja kaupungissa
huviteltiin, suuntasivat sitten mielikuvituksen uusille urille javetivät

29. Lucianan seurueinensa — täti oli lähtenyt jo aikaisemmin —
vastustamattomasti uuteen elämänpiiriin.
Ottilian päiväkirjasta.
"Suuressa maailmassa pidetään jokaista sinä, minä hän esiintyy;
mutta täytyy tosiaan esiintyä jonakin. Hankalasti käsiteltäviä
siedetäänmieluummin kuin mitättömiä."
"Yhteiskunnan voi pakottaa hyväksymään mitä tahansa, mutta ei
sellaista, mistä seuraa jotakin."
"Me emme opi tuntemaan ihmisiä, kun he tulevat meidän
luoksemme; meidän täytyy lähteä heidän luoksensa nähdäksemme
kuinka heidän on laita."
"Minä pidän melkein luonnollisena, että keksimme vierailijoissa
monenlaista moitittavaa, että kohta heidän poistuttuansa
arvostelemme heitä jokseenkin säälimättömästi; meillä näet on niin
sanoaksemme oikeus mitata heitä omalla mittapuullamme.
Ymmärtäväiset jaoikeamielisetkään ihmiset tuskin pidättyvät
sellaisissa tapauksissaterävästä arvostelusta."
"Sitävastoin: kun on käynyt toisten luona ja nähnyt heidät omine
ympäristöinensä, tottumuksinensa, välttämättömissä olotiloissa,
nähnyt, kuinka he vaikuttavat tai mukautuvat, niin tarvitaan jo
ymmärtämättömyyttä ja pahaa tahtoa, jos haluaa pitää naurettavana
sellaista, minkä täytyisi näyttää meistä kunnioitettavalta useassakin
merkityksessä."
"Sen nojalla, mitä me nimitämme käytökseksi ja hyviksi tavoiksi,
on saavutettava se, mikä muuten on saavutettavissa vain väkivaltaa

30. käyttäen tai ei edes sitenkään."
"Seurustelu naisten kanssa on hyvien tapojen oikea olopiiri."
"Kuinka voi ihmisen luonne, hänen omituisuutensa säilyä
elämäntaidon ohella? — Elämäntaidon pitäisi sitäkin enemmän
korostaa kunkinominaista laatua. Jokainen tavoittelee merkittävää,
joka kuitenkaan eisaa olla hankalaa."
"Edullisimmassa asemassa on elämässä yleensä samoinkuin
seurapiireissäkin, sivistynyt sotilas.”
"Karkeat sotamiehet eivät ainakaan petä luonnettansa, ja koska
väkevyyden takana useimmiten sentään piilee hyväluontoisuutta,
ovathekin hätätilassa siedettäviä."
"Ei ole kiusallisempaa olentoa kuin siviilisäätyyn kuuluva kömpelö
henkilö. Häneltä sopisi vaatia hienoutta, koska hänen ei tarvitse
askarrella missään karkeissa asioissa."
"Kun elämme ihmisten joukossa, jotka herkästi vaistoavat mikä on
soveliasta, mikä ei, niin pelkäämme heidän puolestansa, jos sattuu
jotakin sopimatonta. Niinpä on tunteeni aina Charlottan myötä, kun
jokukeinuttaa tuolia, koska hän ei voi sitä mitenkään sietää."
"Kukaan ei astuisi silmälasit nenällä tuttavalliseen suojaan, jos
tietäisi, että meistä naisista heti katoaa halu häntä katsella ja hänen
kanssansa keskustella."
"Tutunomaisuus, joka anastaa kunnioituksen sijan, on aina
naurettava. Kukaan ei laskisi hattua kädestänsä tuskin ehdittyään
lausuatervehdyksensä, jos tietäisi, kuinka koomilliselta se näyttää."

31. "Ei ole mitään ulkonaista kohteliaisuuden merkkiä vailla syvää
siveellistä pohjaa. Oikea kasvatus olisi se, joka samalla kertaa
antaisi sekä tuon merkin että sen pohjan."
"Käyttäytyminen on kuvastin, jossa jokainen näkee oman
kuvansa."
"On olemassa sydämen kohteliaisuutta; se on rakkauden sukua.
Siitäjohtuu ulkonaisen käyttäytymisen miellyttävä kohteliaisuus."
"Vapaaehtoinen riippuvaisuus on kaunein olotila, ja kuinkapa se
olisimahdollinen ilman rakkautta."
"Me emme ole milloinkaan toiveistamme etäämmällä kuin
kuvitellessammeomistavamme mitä toivoelemme."
"Ehdottomin orja on se, joka pitää itseänsä vapaana olematta
vapaa."
"Tarvitsee vain julistaa itsensä vapaaksi, niin tuntee heti olevansa
riippuvainen. Jos uskaltaa tunnustautua riippuvaiseksi, niin tuntee
olevansa vapaa."
"Jonkun toisen henkilön suurta etevämmyyttä vastaan ei ole
muutapelastuskeinoa kuin rakkaus."
"Kamalassa asemassa on oivallinen mies, josta tuhmat
kerskailevat."
"Sanotaan, ettei kamaripalvelijalle ole olemassa sankaria. Syynä
onyksinomaan se, että sankarin voi tunnustaa vain toinen sankari.
Muttakamaripalvelija kyennee arvostamaan kaltaisiansa."

32. "Keskinkertaisuuden paras lohdutus on se, ettei nero ole
kuolematon."
"Suurimpia ihmisiä yhdistää heidän vuosisataansa aina jokin
heikkous."
"Ihmisiä pidetään yleensä vaarallisempina kuin he ovat."
"Mielettömät ja viisaat henkilöt ovat yhtä vaarattomat. Puolihupsut
japuoliviisaat ne ovat vaarallisimmat."
"Maailmaa voi väistää parhaiten taiteen avulla ja taiteen avulla
siihenvoi parhaiten liittyä."
"Korkeimman onnen ja ankarimman hädänkin hetkinä me
tarvitsemmetaiteilijaa."
"Taiteen esineenä on se, mikä on vaikeata ja hyvää."
"Vaikean kepeä käsitteleminen tekee mahdottoman
havaittavaksemme."
"Vaikeudet kasvavat, mitä lähemmäksi päämäärää pääsemme."
"Kylväminen ei ole niin vaivalloista kuin niittäminen."

33. KUUDES LUKU.
Se suuri levottomuus, joka Charlottalle tästä vierailusta koitui, tuli
hyvitetyksi sikäli, että hän oppi täydellisesti tuntemaan tyttärensä.
Tällöin oli hänelle suureksi avuksi hänen maailmantuntemuksensa.
Sellainen omituinen luonne ei sattunut ensimmäistä kertaa hänen
tiellensä, joskaan hän ei vielä koskaan ollut sitä tavannut näin
pitkälle kehittyneessä muodossa. Kokemus oli kuitenkin hänelle
opettanut, että sellaiset henkilöt elämän, monenlaisten tapahtumien,
kotoisten olosuhteiden kasvattamina voivat saavuttaa erittäin
miellyttävän kypsyyden itsekkyyden vähentyessä ja hajanaisen
toiminnan omaksuessa varman suunnan. Charlotta tyytyi äitinä
ilmiöön, joka saattoi olla toisille epämieluinen, koska on varsin
soveliasta, että vanhemmat yhä toivovat, vieraiden vain halutessa
nauttia tai ainakinvälttää rasitusta.
Tyttären lähdön jälkeen Charlottaa kuitenkin kohtasi omituinen ja
odottamaton ikävyys: Luciana näet oli jättänyt jälkeensä huonot
maininnat, ei niinkään käytöksensä moitittavuuden vuoksi kuin sen
nojalla, mitä siinä olisi voinut pitää kiitettävänä. Luciana näytti
omaksuneen periaatteeksensa olla iloinen iloitsevaisten ja
murheellinen murheellisten keralla, vieläpä — ristiriidan henkeä
oikein harjoittaaksensa — tehdä toisinaan iloiset alakuloisiksi ja

34. murheelliset hilpeiksi. Kaikissa perheissä, joissa kävi, hän tiedusteli
sairaita ja heikkoja, jotka eivät kyenneet ottamaan osaa
seuraelämään. Hän kävi heitä tervehtimässä heidän huoneissansa,
esiintyi lääkärinä ja pakotti kaikkia ottamaan alinomaa mukanansa
kuljettamastaan matka-apteekista voimallisia lääkkeitä. Kuten arvata
saattaa, tepsi parannuskeino tai oli tepsimättä, kuinka kulloinkin
sattui.
Tätä hyväntekeväisyyden lajia harjoittaessaan hän oli kerrassaan
säälimätön eikä sietänyt minkäänlaista vastustusta, koska oli
varmasti vakuutettu siitä, että toimi mitä parhaiten. Mutta eräs hänen
kokeensa epäonnistui psyykilliseltä puoleltansa, ja se juuri aiheutti
Charlottalle paljon vaivaa, koska siitä oli seurauksia ja se tuli
yleiseksi puheenaiheeksi. Hän kuuli asiasta vasta Lucianan
lähdettyä; Ottilian, joka oli ollut retkellä mukana, täytyi tehdä hänelle
siitäyksityiskohtaisesti tiliä.
Erään arvossapidetyn perheen tytär oli onnettomuudeksensa
aiheuttanut nuoremman sisarensa kuoleman eikä ollut päässyt sen
koommin entisellensä rauhoittumaan. Hän eleli huoneessansa
askarrellen omissa hiljaisissa puuhissaan ja sieti omaistensakin
näkemistä vain heidän tullessaan yksitellen; useampien koolla
ollessa hän kohta epäili, että henkilöt pohtivat keskenänsä hänen
tilaansa. Kunkin yksityisen kanssa hän saattoi jutella järkevästi
tuntikausia.
Luciana oli saanut asian tietoonsa ja oli kaikessa hiljaisuudessa
päättänyt talossa käydessään tehdä tavallansa ihmeen ja palauttaa
nuoren naisen seuraelämään. Hän menetteli tällöin tavallista
varovaisemmin, osasi päästä puhuttelemaan sairasmielistä kahden
kesken ja, mikäli voitiin huomata, saavuttaa soitannon avulla hänen

35. luottamuksensa. Mutta lopulta hän erehtyi: koska näet tahtoi
herättää huomiota, hän toi kauniin kalpean neidon, jonka otaksui
riittävästi valmistelleensa, yht'äkkiä eräänä iltana kirjavaan,
loistavaan seuraan. Kenties olisi tämäkin vielä onnistunut, ellei seura
itse, uteliaisuudesta ja arkuudesta, olisi käyttäytynyt taitamattomasti,
kokoontunut sairaan ympärille, vetäytynyt jälleen loitommalle,
hämmentänyt ja kiihdyttänyt häntä kuiskuttelemalla keskenänsä.
Herkkätuntoinen neito ei tuota sietänyt. Hän pakeni pois kauheasti
huutaen, ikäänkuin olisi säikähtänyt jotakin huoneeseen tunkevaa
hirviötä. Pelästyneenä seura hajaantui eri tahoille. Ottilia oliniiden
joukossa, jotka saattelivat tainnoksiin vaipuneen neidon hänen
huoneeseensa.
Sill'aikaa oli Luciana pitänyt tapansa mukaan ankaran
nuhdesaarnan ollenkaan ajattelematta, että oli itse yksin syyllinen, ja
sallimatta tämän enempää kuin minkään muunkaan
epäonnistumisen pidättää itseänsäjatkamasta toimenpiteitänsä.
Sairaan tila oli siitä lähtien käynyt arveluttavaksi, olipa tauti äitynyt
siinä määrin, etteivät vanhemmat voineet pitää lapsi raukkaa kotona,
vaan jättivät hänet julkiseen laitokseen hoidettavaksi. Charlottalla ei
ollut muuta neuvoa kuin koettaa jossakin määrin lievittää tyttärensä
aiheuttamaa murhetta käyttäytymällä erikoisen hienotunteisesti
perhettä kohtaan. Ottiliaan asia oli vaikuttanut syvästi; hän sääli tyttö
parkaa sitä enemmän, kun oli vakuutettu siitä, kuten hän
Charlottallekin myönsi, että sairas olisi ollut johdonmukaisella
hoidolla varmaan parannettavissa.
Koska yleensä keskustellaan mieluummin menneistä ikävistä kuin
ilahduttavista asioista, tuli puheeksi, myöskin eräs pieni
väärinkäsitys, joka oli saanut Ottilian ymmälle, arkkitehtiin nähden,

36. kun näet viimeksimainittu ei tuona iltana tahtonut näyttää
kokoelmaansa, vaikka Ottilia oli sitä ystävällisesti pyytänyt. Tämä
torjuva käytös oli jättänyt jälkensä neidon mieleen, hänen
itsensäkään tietämättä minkä tähden. Hänen tuntonsa olivat aivan
oikeat, sillä mitä Ottilian kaltainen tyttö voi pyytää, sitä ei arkkitehdin
kaltaisen nuorukaisen pitäisi milloinkaan evätä. Viimeksimainittu
kuitenkin esitti Ottilian satunnaisten lievien moitteiden johdosta
verrattainpäteviä puolusteita.
Jos tietäisitte, sanoi hän, kuinka korkeasti sivistyneetkin henkilöt
suhtautuvat kallisarvoisimpiin taideteoksiin, antaisitte minulle
anteeksi, etten tuo omistamiani suuren joukon käsiteltäviksi. Kukaan
eiosaa tarttua mitalin reunaan; he sormeilevat kauneimpiakin
korkokuvia, puhtaintakin pohjaa, hivuttelevat kallisarvoisimpia
kappaleita peukalon ja etusormen välissä, ikäänkuin tuo olisi oikea
tapa tutkia taidemuotoja. Ollenkaan ajattelematta, että isoa
paperilehteä onpideltävä molemmin käsin, he tarttuvat yhdellä
kädellä verrattomaan vaskipiirrokseen tai muuhun korvaamattomaan
kuvaan, niinkuin julkea poliitikko tarttuu sanomalehteen ja
rypistämällä paperin jo ennakolta ilmaisee maailmantapahtumia
koskevan arvostelunsa. Kukaan ei ajattele, että jos
kaksikymmentäkin henkilöä toinen toisensa jälkeen käsittelee
taideteosta sillä tavalla, yhdennelläkolmatta ei ole siinä enää
paljoakaan katsomista.
Enkö minäkin ole useasti aiheuttanut teille sellaista ikävyyttä?
kysyi
Ottilia. Enkö ole aavistamattani joskus vahingoittanut aarteitanne?
Ette milloinkaan! vastasi arkkitehti. Teille se olisi mahdotonta:
teissä sovelias käyttäytyminen on synnynnäistä.

37. Missään tapauksessa, virkkoi Ottilia, ei haittaisi, jos
tulevaisuudessa hyvien tapojen aapiseen, niiden lukujen jälkeen,
joissa osoitetaan, kuinka on meneteltävä julkisesti syötäessä ja
juotaessa, sijoitettaisiin sangen yksityiskohtainen esitys siitä, kuinka
onkäyttäydyttävä taidekokoelmissa ja museoissa.
Epäilemättä, vastasi arkkitehti, epäilemättä kokoelmain hoitajat ja
harrastelijat silloin iloisemmin näyttelisivät harvinaisuuksiansa.
Ottilia oli jo aikoja sitten suonut hänelle anteeksi, mutta kun moite
näytti vaikuttavan kovin kipeästi nuoreen mieheen, joka yhä
uudelleen vakuutti mielellään noudattavansa ystävien pyyntöjä ja
olevansa valmistoimimaan heidän hyväksensä, havaitsi Ottilia
loukanneensa hänen herkkää mieltänsä ja tunsi itsensä hänen
velalliseksensa. Niinpä hän eivoinut hevin evätä pyyntöä, jonka
arkkitehti tämän keskustelun jälkeen hänelle esitti, joskaan hän,
nopeasti tuntoansa tutkisteltuansa, eikäsittänyt, kuinka voisi
toivomukseen suostua.
Asian laita oli näin. Se seikka, että Lucianan kateellisuus oli
sulkenut Ottilian pois kuvaelmaesityksistä, oli kovin pahoittanut
arkkitehtia, joka sitäpaitsi oli ikäväkseen havainnut, että Charlotta
saattoi pahoinvoinnin vuoksi olla vain silloin tällöin näkemässä tätä
seurallisen huvittelun loistavaa osaa. Nyt hän ei tahtonut poistua
osoittamatta kiitollisuuttansa silläkin tavalla, että järjesti toisen
kunniaksi ja toisen huviksi tähänastisia paljon kauniimman esityksen.
Asiaan lienee lisäksi vaikuttanut, hänen itsensä tietämättä, eräs
toinen salainen virike: hänelle kävi kovin vaikeaksi lähteä tästä
talosta, tästä perheestä, tuntuipa hänestä kerrassaan mahdottomalta
erota Ottilian silmistä, joiden rauhalliset, ystävällisen suopeatkatseet

38. olivat viime aikoina olleet hänelle melkeinpä yksinomaisena elämän
sisällyksenä.
Joulu lähestyi, ja arkkitehdille selvisi äkkiä, että nuo kuvaelmat
oikeastaan johtuivat hurskaista niin sanotuista seiminäytelmistä, joita
tänä juhlaisana aikana omistettiin jumalalliselle äidille ja lapselle
esittämällä tilavuudellisin kuvin ensin paimenten, sitten kuninkaiden
heille heidän näennäisessä alennuksessansa osoittamaa
kunnioitusta.
Arkkitehti oli luonut täydellisen suunnitelman sellaista esitystä
varten. Kaunis, virkeä poikanen oli löytynyt; paimenista ja
paimennettavistakaan ei voinut tulla puutetta, mutta ilman Ottiliaa oli
mahdoton saada asiaa toimeen. Nuori mies oli koroittanut hänet
mielessänsä Jumalan äidiksi, ja jos hän kieltäytyi, oli yritys
epäilemättä tuomittu raukeamaan. Ottilia, ehdotuksen johdosta
puolittain hämillänsä, kehoitti arkkitehtia kääntymään Charlottan
puoleen. Charlotta suostui mielellään, ja hänen ystävällinen
kehoituksensa sai Ottilian arkuudestansa luopuen lupautumaan tuon
pyhän henkilön esittäjäksi. Arkkitehti työskenteli yötä päivää, jottei
jouluaattona mitään puuttuisi.
Yötä päivää sanan varsinaisessa merkityksessä. Hän tyytyi
yleensäkin vähään, ja Ottilian läsnäolo näytti korvaavan hänelle
kaikki virkistykset: hänen tähtensä työskennellessä, hänen
vaiheillansaaskarrellessa tuntui siltä, kuin ei olisi kaivannut unta eikä
ravintoa. Juhlallisena iltahetkenä kaikki olikin valmiina. Hänen oli
onnistunut kerätä soinnukkaita puhallussoittimia, jotka kohta aluksi
osasivat herättää oikeata tunnelmaa. Esiripun kohotessa Charlotta
tosiaankin hämmästyi. Hänen näkemänsä kuvan aihe oli esitetty
maailmassa niin moneen kertaan, että siitä tuskin sopi odottaa

39. mitään uutta vaikutelmaa. Mutta tässä oli todellisuudella kuvana
erikoiset etunsa.Koko huone oli pikemmin öinen kuin hämärä, ja
kuitenkaan ei mikään ympäristön yksityiskohta ollut epäselvä. Sen
verrattoman ajatuksen, että kaiken valon oli uhottava lapsesta, oli
taiteilija osannut toteuttaa älykkään valaistuslaitteen avulla, joka
peittyi etualanvarjossa olevien, vain heittosäteiden valaisemien
hahmojen taakse. Iloisia tyttöjä ja poikia seisoi ympärillä, raikkaat
kasvot alhaalta käsin kirkkaasti valaistuina. Eipä puuttunut
enkeleitäkään, joiden oma valo näytti jumalallisessa valaistuksessa
tummuvan, joiden eteeriset ruumiit näyttivät jumal'inhimilliseen
verraten tihenneiltä ja valoakaipaavilta.
Lapsi oli onneksi nukahtanut mitä viehkeimpään asentoon, joten
mikään ei häirinnyt katsetta, kun se viivähti näennäisessä äidissä,
joka oli sanomattoman suloisesti kohottanut harsoa näyttääkseen
salattua aarrettansa. Siihen tuokioon kuva näytti jähmettyneen.
Ruumiillisesti häikäistynä; henkisesti hämmästyneenä näytti
ympäröivä väki vast'ikään liikahtaneen kääntääkseen huienneen
katseensa toisaanne, uteliaaniloisena silmätäkseen jälleen ryhmää
ilmaisten pikemmin ihmetystä jailoa kuin ihailua ja kunnioitusta.
Viimeksimainitut tunteet eivät sentään nekään olleet unohtuneet,
vaan niiden ilme esiintyi eräidenvanhempien henkilöiden kasvoissa.
Ottilian hahmo, ele, ilme ja katse vei voiton kaikesta, mitä mikään
maalaaja on koskaan esittänyt. Herkkä taiteentuntija olisi tämän
näyn nähdessään joutunut pelon valtaan, olisi pelännyt jonkin
liikahtavan, olisi ollut huolissaan siitä, tulisiko mikään häntä enää
siinä määrin miellyttämään. Onnettomuudeksi ei ollut läsnä ketään,
joka olisi kyennyt tämän koko vaikutuksen tajuamaan. Arkkitehti,
joka pitkänä solakkana paimenena sivusta silmäili polvistuvien yli,
nautti kuvaelmasta eniten, vaikka ei ollutkaan parhaassa

40. katsomakohdassa. Kukapa muuten kykenisikään kuvailemaan
uudestaanluodun taivaankuningattaren ilmettä? Hänen piirteissänsä
näkyi puhtainnöyryys, rakastettavin vaatimattomuuden tunne
suuren, ansaitsematta saadun kunnian, käsittämättömän,
äärettömän onnen johdosta hänen ilmaistessaan sekä omaa
tuntoansa että esityksen aiheesta itsellensä parhaansa mukaan
muodostamaansa mielikuvaa.
Charlottaa ilahdutti kaunis näky, mutta etupäässä häneen vaikutti
lapsi. Hänen silmiinsä tulvahtivat kyynelet, ja hän kuvitteli mitä
elävimmin, kuinka hänelläkin oli pian oleva helmassansa tuollainen
rakas pieni olento.
Esirippu oli laskettu alas, osittain esittäjäin helpotukseksi, osittain
sen vuoksi, että kuvaelmaa tahdottiin muuttaa. Taiteilijan
suunnitelman mukaan piti yö- ja alennustilakuvan muuttua päivä- ja
kunniankirkkauskuvaksi. Siinä tarkoituksessa hän oli varannut joka
puolelle suunnattoman määrän valaistuslaitteita, jotka väliajalla
sytytettiin.
Ottiliaa oli tässä puolittain teatraalisessa tilanteessa lohduttanut
se, ettei Charlottaa ja muutamia harvoja oman talon asukkaita
lukuunottamatta kukaan muu ollut tätä hurskasta huvia näkemässä.
Siksipä hän hieman hämmästyi kuullessaan väliajalla, että oli
saapunut joku vieras, jota Charlotta salissa ystävällisesti tervehti.
Hänelle ei osattu sanoa, kuka tulija oli. Hän tyytyi siihen, koska ei
halunnut aiheuttaa mitään häiriötä. Kynttilät ja lamput paloivat, ja
hänen ympärillänsä hohti kerrassaan sanomaton kirkkaus. Esirippu
kohosi paljastaen katsojille yllättävän näyn: koko kuva oli pelkkää
valoa, ja tyystin hävinneen varjon sijassa oli nyt vain värejä, joiden
älykäs valinta sai aikaan miellyttävän hillityn vaikutelman. Pitkien

41. silmäripsiensä alitse silmäten Ottilia havaitsi Charlottan vieressä
istumassa mieshenkilön, jota ei tuntenut. Samalla hänestä kuitenkin
tuntui siltä, kuin hän olisi kuullut koulukodin apulaisen äänen. Hänet
valtasi omituinen tunne. Kuinka paljon olikaan ehtinyt tapahtua sen
jälkeen kuin hän oli viimeksi kuullut tuon uskollisen opettajan äänen!
Kuin monipolvisena salamana välkähti hänen ilojensa ja
kärsimystensä sarja nopeasti hänen mielessään herättäen
kysymyksen: Onko sinulla lupa tunnustaa hänelle kaikki? Ja kuinka
vähässä määrin ansaitsetkaan ilmestyä hänelle tässä pyhässä
hahmossa, ja kuinka kummalliselta hänestä täytyykään tuntua, kun
näkee näyttelijänä sinut, jonka onnähnyt ainoastaan luonnollisena?
Verrattoman kiivaasti vaikuttivat hänessä toisiinsa tunne ja miete.
Hänen sydäntänsä ahdisti, ja hänen silmänsä täyttyivät kyynelistä
hänen pakottaessaan itseänsä yhä ilmenemään jäykkänä kuvana.
Hän oli kovin iloinen poikasen alkaessa liikahdella ja taiteilijan
havaitessa, että oli pakko antaa esiripunjälleen laskeutua.
Jo kuvaelman viime tuokioina oli Ottilian muihin tuntoihin
sekaantunut kiusallinen tunne siitä, ettei päässyt rientämään hyvää
ystäväänsä vastaan. Nyt hän oli sitäkin pahemmassa pulassa. Pitikö
hänen käydä häntä vastaan tässä vieraassa asussa, näitä vieraita
koruja kantaen? Vai pitikö hänen vaihtaa pukua? Hän ei valinnut,
noudatti vaistomaisesti jälkimmäistä vaihtoehtoa, koki väliajalla
malttaa mieltänsä, rauhoittua, ja oli täysin oma itsensä vasta sitten,
kunvihdoinkin pääsi tavallisessa puvussansa tulijaa tervehtimään.

42. SEITSEMÄS LUKU.
Arkkitehti luonnollisesti toivoi suosijattarillensa kaikkein parasta,
joten hänestä tuntui miellyttävältä vihdoin lähtiessänsä tietää heidän
jäävän kelpo apulaisen hyvään seuraan, mutta kohdistaessaan
heidän suosionsa itseensä hän toisaalta tunsi mielensä hieman
haikeaksi, koska ajatteli tulevansa aivan pian ja, kuten
vaatimattomuutensa hänelle saneli, täydellisestikin korvatuksi. Hän
oli yhä epäröinyt, mutta nythän halusi päästä pois, koska ei tahtonut
olla henkilökohtaisesti kokemassa sitä, mihin hänen poistuttuansa
täytyi tyytyä.
Nämä puolittain murheelliset tunteet hälvenivät melkoisesti, kun
naiset hänen lähtiessänsä vielä lahjoittivat hänelle liivit, joitahän oli
nähnyt molempien pitkän aikaa ompelevan ja joiden tulevaista,
tuntematonta omistajaa hän oli hiljakseen kadehtinut. Rakastava,
kunnioittava mies ei voi saada mitään miellyttävämpää lahjaa: kun
hän näet kuvailee mielessänsä sitä valmistaneiden kauniiden
sormien väsymätöntä leikkiä, ei hän voi olla samalla imartelematta
itseänsä ajattelemalla, ettei sydänkään voi sellaisessa kestävässä
työssä pysyäihan välinpitämättömänä.

43. Naisilla oli nyt kestittävänänsä uusi mies, jolle he soivat hyvää ja
jonka piti voida hyvin heidän luonansa. Naissukupuolessa asuu oma
sisäinen ja muuttumaton mielenkiintonsa, josta mikään maailmassa
ei saa sitä luopumaan; ulkonaisessa seurallisessa suhteessa he
sitävastoin mielellänsä ja helposti jättävät itseänsä koskevan
määräämisvallan miehelle, joka heitä parhaillaan askarruttaa.
Torjunnan ja alttiuden, itsepintaisuuden ja myöntyväisyyden avulla
he siten oikeastaan hoitavathallitusta, jonka alamaisuudesta ei
yksikään sivistyneen maailman miesuskalla vetäytyä pois.
Jos arkkitehti oli ikäänkuin omaksi iloksensa ja mielin määrin
harjoittanut ja osoittanut kykyjänsä ystävättäriensä huviksi ja heidän
tarkoituksiansa varten, jos askartelu ja kanssakäyminen oli tässä
mielessä ja sellaisten tarkoitusten mukaisesti järjestetty, niin
apulaisen läsnäolo muutti lyhyessä ajassa elämäntavan aivan
toiseksi. Apulainen osasi erittäin hyvin puhua ja käsitellä
keskustelussa inhimillisiä olosuhteita, erittäinkin nuorison kasvatusta
koskevia. Niin syntyi tähänastiselle elämänlaadulle verrattain tuntuva
vastakohta, sitäkin enemmän, kun apulainen ei ehdottomasti
hyväksynyt sitä, mikä oli aikaisemmin ollut yksinomaisena
askarruksen esineenä.
Kuvaelmasta, jota näkemään hän oli tullessansa joutunut, hän ei
puhunut mitään. Mutta kun hänelle sitten tyytyväisyyden tuntein
näytettiin kirkkoa, kappelia ja kaikkea muuta siihen asiaan kuuluvaa,
ei hän voinut olla lausumatta niitä koskevia ajatuksiansa ja
mielipiteitänsä.
Minä puolestani, sanoi hän, en voi ollenkaan mieltyä tähän
pyhyyden ja aistillisuuden lähentämiseen ja sekoittamiseen, minua ei
miellytä se, että valitaan, vihitään ja koristetaan erityisiä huoneita,

44. jotta ihminen niiden avulla voisi itsessänsä herättää ja ylläpitää
hurskauden tunnetta. Mikään ympäristö, kaikkein alhaisinkaan, ei
saa häiritämeissä asuvaa jumaluuden tuntoa, joka voi seurata meitä
kaikkialle javihkiä jokaisen paikan temppeliksi. Minä näen mielelläni
vietettävän kotihartaushetkeä salissa, jossa muuten aterioidaan,
seurustellaan, huvitellaan soitoin ja tanssein. Ihmisen korkein ja
paras onhahmoutumatonta, ja tulee varoa sitä hahmottelemasta
muuksi kuinjaloksi teoksi.
Charlotta, joka jo yleispiirtein tunsi hänen mielipiteensä ja otti
niistä lyhyessä ajassa vieläkin parempaa selkoa, toimitti hänelle
kohta hänen alaansa kuuluvaa tehtävää antamalla puutarhapoikien,
jotka arkkitehti oli vähän ennen lähtöänsä tarkastanut, marssia
suureen saliin. Iloisine, puhtaine univormuinensa, säännöllisine
liikkeinensä ja luontevine vilkkaine olemuksinensa he esiintyivät
varsin miellyttävästi. Apulainen tutki heitä omalla tavallansa, sai
monenlaisten kysymysten ja sanakäänteiden avulla piankin selville
lasten mielenlaadut ja kyvyt ja ehti vähemmässä kuin tunnin ajassa
opettaa ja neuvoa heitä melkoisesti, kenenkään sitä oikeastaan
havaitsematta.
Miten te menettelettekään? kysyi Charlotta poikien poistuessa.
Minä kuuntelin erittäin tarkkaavasti; siinä esiintyi pelkkiä aivan tuttuja
asioita, ja kumminkaan en tiedä, kuinka kykenisin niin lyhyessä
ajassa, sinne tänne jutellen, saamaan ne niin johdonmukaisesti
käsitellyiksi.
Kenties pitäisi jättää omaksi salaisuudeksensa ammatilliset
etevyytensä, virkkoi apulainen. En kumminkaan tahdo teiltä salata
sitä aivan yksinkertaista periaatetta, jonka nojalla kykenemme
suorittamaan tuon ja vielä paljon enemmänkin. Ottakaa jokin esine,

45. aine, käsite, tai miten sitä nimittänemmekin, ja pysytelkää siinä
kiinteästi; jossen sitten itsellenne kaikin puolin selvitätte, niin teille
käy helpoksi keskustelun avulla saada ilmi, mitä lapset siitä jo
tietävät ja mitä on vielä kehitettävä, opetettava. Olkootpa vastaukset
miten sopimattomia tahansa, harhautuivatpa ne kuinka kauas
hyvänsä, josvain vastakysymyksenne johtaa mielen ja ajatuksen
jälleen asiaan, josette salli suistaa itseänne kannaltanne, niin, lasten
täytyy lopulta ajatella, käsittää, muodostaa vakaumukseksensa vain
se, minkä ja miten opettaja tahtoo. Pahimman virheen hän tekee
salliessaan oppilaiden temmata itsensä kerallansa harhailemaan,
suistumalla pois siitä kohdasta, joka on parhaillaan käsiteltävänä.
Tehkää lähiaikoina koe; se on varmaan teille erittäin
mielenkiintoinen.
Sepä somaa, virkkoi Charlotta. Hyvä kasvatustaide on
niinmuodoin hyvän elämäntaidon jyrkkä vastakohta. Sivistyneessä
seurassa ei saa kiintyä mihinkään yksityiskohtaan, ja opetuksessa
olisi korkeimpana käskynäkaiken hajamielisyyden vastustaminen.
Hajautumista välttävä vaihtelevaisuus olisi kaunein vaalilause
sekä oppia että elämää varten, kunhan sellainen kiitettävä tasapaino
vain olisi helposti saavutettavissa! virkkoi apulainen aikoen jatkaa,
kun Charlotta kutsui hänet vielä katsomaan poikia, joiden hilpeä
kulkue parhaillaan liikkui pihan poikki. Apulainen ilmaisi
tyytyväisyytensä sen johdosta, että lapsia totutettiin käyttämään
univormua.
Miesten, sanoi hän, pitäisi kantaa univormua nuoruudesta alkaen,
koska heidän on totuttava toimimaan yhdessä, häviämään
kaltaistensa joukkoon, tottelemaan joukkona ja toimimaan
kokonaisuutta silmälläpitäen. Univormu sitäpaitsi aina edistää

46. sotilaallista mieltä ja niukempaa, tiukempaa käyttäytymistä. Ovathan
muuten kaikki pojat sinänsä synnynnäisiä sotilaita; otettakoon vain
huomioon heidän kilpa- jasotaleikkinsä, heidän hyökkäyksensä ja
kiipeilemisensä.
Ette minua moittine, virkkoi Ottilia, jos en pue tyttöjäni
yhdenmukaisesti. Kun esittelen heidät teille, toivon ilahduttavani teitä
kirjavalla vilinällä.
Se miellyttää minua erittäin, vastasi puhuteltu. Naisten pitäisi
käydä mitä erilaisimmin puettuina, kunkin omalla tavallansa, jotta
jokainen heistä oppisi vaistoamaan, mikä hänelle oikeastaan hyvin
sopii jasoveltuu. Vieläkin tärkeämpi syy on tämä: koska heidän on
määrä elää jatoimia koko elinikänsä yksinänsä.
Tuo tuntuu minusta melkein uskomattomalta, virkkoi Charlotta;
mehän olemme tuskin milloinkaan yksinämme, vain itseämme
varten.
Kieltämättä, vastasi apulainen, mitä tulee toisiin naisiin, on asian
laita varmaan siten. Katseltakoon naista rakastavaisena,
morsiamena, puolisona, emäntänä ja äitinä, niin havaitaan hänen
aina olevan eristettynä, aina yksinänsä, vieläpä nimenomaisesti niin
tahtoen. Onpa turhamaisenkin laita samoin. Jokainen nainen sulkee
pois toisen, luonnostansa, sillä jokaiselta vaaditaan kaikkea sitä,
minkä suorittaminen on koko sukupuolen asiana. Toisin on miesten
laita. Mies kysyy miestä; hän loisi itsellensä toisen, ellei sitä olisi
olemassa; nainen voisi elää iankaikkisesti ajattelemattakaan
kaltaisensatuottamista.
Tarvitsee vain ilmaista eriskummaisella tavalla se, mikä on totta,
niin eriskummainenkin näyttää lopuksi todelta, virkkoi Charlotta. Me

47. Welcome to our website – the ideal destination for book lovers and
knowledge seekers. With a mission to inspire endlessly, we offer a
vast collection of books, ranging from classic literary works to
specialized publications, self-development books, and children's
literature. Each book is a new journey of discovery, expanding
knowledge and enriching the soul of the reade
Our website is not just a platform for buying books, but a bridge
connecting readers to the timeless values of culture and wisdom. With
an elegant, user-friendly interface and an intelligent search system,
we are committed to providing a quick and convenient shopping
experience. Additionally, our special promotions and home delivery
services ensure that you save time and fully enjoy the joy of reading.
Let us accompany you on the journey of exploring knowledge and
personal growth!
ebookfinal.com