S u Padre Su padre, Juan de San Martín, hijo de Andrés de San Martín e Isidora Gómez, había nacido en la villa de Cervatos de la Cueza, en la Provincia de Palenci a , y era Teniente gobernador del departamento
Su Madre Su madre, Gregoria Matorras del ser , también había nacido en la Provincia de Palencia, el 12 de marzo de 1738 ,. Era prima hermana de Jerónimo Matorras , Gobernador y Capitán General del Tucumán
Sus Hermanos San Martín fue el menor de cinco hermanos: María Elena , Manuel Tadeo y Juan Fermín nacidos en la Real Calera de las Vacas .
María Elena María Elena se casó en España con Rafael González Menchaca y tuvo una hija; Petronila. A ambas el general San Martín dejó una pensión vitalicia, como consta en su testamento.
Manuel Tadeo Manuel Tadeo siguió la carrera militar, se desempeñó en el Regimiento de Infantería Soria, tomó parte en las campañas de África y los Pirineos, en 1794 fue hecho prisionero por los franceses
Juan Fermín Juan Fermín de San Martín ingresó como cadete en el Regimiento de Infantería Soria en 1788. En 1802 se trasladó a Filipinas, donde contrajo matrimonio con Josefa Manuela Español de Alburu
Justo Rufino Justo Rufino se incorporó al Regimiento de Caballería Húsares de Aragón, con el grado de capitán
Esposa María de los Remedios de Escalada nació en Buenos Aires el 20 de noviembre de 1797, hija de Antonio José de Escalada y Tomasa de la Quintana y Aoiz . Su familia era prestigiosa, estando vinculada a la causa patriota.
Hija Mercedes Tomasa San Martín y Escalada fue la única hija del general José de San Martín y de María de los Remedios de Escalada